tailieunhanh - Thiết kế tối ưu gen để biểu hiện dị loài sử dụng hệ thống thương mại bằng một số phần mềm tối ưu miễn phí

Bài viết mô tả quy trình sử dụng các phần mềm này và một số kinh nghiệm rút ra trong quá trình sử dụng phần mềm khi tối ưu gen để biểu hiện một số protein có nhiều ứng dụng trong Y dược học ở Escherichia coli và nấm men. | TẠP CHÍ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ Trƣờng Đại học Khoa học ĐH Huế Tập 13 Số 2 2018 THIẾT KẾ TỐI ƢU GEN ĐỂ BIỂU HIỆN DỊ LOÀI SỬ DỤNG HỆ THỐNG THƢƠNG MẠI BẰNG MỘT SỐ PHẦN MỀM TỐI ƢU MIỄN PHÍ Hà Thúc Đức Tùng Đoàn Trọng Bích Nguyễn Ngọc Lƣơng Khoa Sinh học Trƣờng Đại học Khoa học Đại học Huế Email daigoro77@ Ngày nhận bài 21 12 2018 ngày hoàn thành phản biện 21 12 2018 ngày duyệt đăng 21 12 2018 TÓM TẮT Tối ƣu gen để biểu hiện khác loài là một bƣớc quan trọng trong công nghệ DNA tái tổ. Đã có nhiều công trình nghiên cứu về các tiêu chí cần đạt đƣợc trong quá trình tối ƣu gen. Một số tiêu chí phổ quát gồm thiên vị mã bộ ba thiên vị cặp mã bộ ba và tối ƣu cấu trúc thứ cấp của mRNA. Để có thể đồng thời đ p ứng nhiều tiêu chí tối ƣu c c nh Tin sinh học phát triển các phần mềm tối ƣu gen nhằm tự động hóa qu trình n y. Tuy nhiên để có đƣợc gen theo ý muốn cần có sự can thiệp của con ngƣời. Ở đ y chúng tôi điểm qua một số phần mềm tối ƣu gen phổ biến và miễn phí cho mục đích tối ƣu biểu hiện gen ở một số vật chủ phổ biến. Chúng tôi cũng mô tả quy trình sử dụng các phần mềm này và một số kinh nghiệm rút ra trong quá trình sử dụng phần mềm khi tối ƣu gen để biểu hiện một số protein có nhiều ứng dụng trong Y dƣợc học ở Escherichia coli và nấm men. Từ khóa Tối ƣu gen biểu hiện dị loài E. coli nấm men tiêu chí tối ƣu. 1. MỞ ĐẦU Biểu hiện gen dị lo i trong đó gen đƣợc lấy từ lo i n y đƣợc đem đi biểu hiện ở một sinh vật thƣờng dùng làm vật chủ ví dụ Escherichia coli E. coli nấm men bánh mì Saccharomyces cerevisiae S. cerevisiae tế bào thực vật và tế b o động vật đặt nền móng cho ngành công nghiệp công nghệ sinh học có trị gi h ng trăm tỉ USD 1 2 3 . Gen biểu hiện dị loài sẽ chịu sự điều hòa biểu hiện gen của vật chủ tức gồm các bƣớc điều hòa ngoại di truyền epigenetics điều hòa phiên mã điều hòa hậu phiên mã thông qua miRNA v điều hòa sau dịch mã 4 5 . Trong thực tế ngƣời dùng chỉ có thể kiểm soát quá trình dịch mã của gen quan tâm do những yếu tố điều hòa ngoại di truyền .