tailieunhanh - Khai thác và chọn gen mã hóa chitinase từ nguồn dữ liệu DNA metagenome

Trong nghiên cứu này, với mục đích tìm kiếm các gen mã hóa chitinase mới có hoạt tính diệt tuyến trùng và bệnh nấm hại rễ ở cà phê, từ 8/56 trình tự với độ tương đồng nhỏ hơn 75%, đã lựa chọn được trình tự ChiA_2. Kết quả phân tích trên BLASTP cho thấy, ChiA_2 có giá trị điểm tối đa cao nhất, đồng thời độ tương đồng của trình tự đạt 72%. | Tạp chí Công nghệ Sinh học 17 3 553-560 2019 KHAI THÁC VÀ CHỌN GEN MÃ HÓA CHITINASE TỪ NGUỒN DỮ LIỆU DNA METAGENOME Nguyễn Thị Thơm1 Nguyễn Thị Hồng Hà1 Phạm Bích Ngọc1 Chu Hoàng Hà1 Hồ Bích Hải2 Lê Mai Hương3 1 Viện Công nghệ sinh học - Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam 2 Viện Công nghệ thông tin - Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam 3 Viện Hóa học các hợp chất thiên nhiên - Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam Người chịu trách nhiệm liên lạc. E-mail pbngoc@ Ngày nhận bài Ngày nhận đăng TÓM TẮT Khai thác cơ sở dữ liệu DNA metagenome đất vùng rễ của cây cà phê tái canh 2 năm tuổi tại tỉnh Đăl Lăk và so sánh trên dữ liệu CAZy đã tìm thấy 56 trình tự nucleotide mã hóa chitinase. Kết quả phân tích các trình tự trên BLASTP đều dự đoán các protein có độ bao phủ từ 90 trở lên với hệ số tương đồng từ 33 - 99 so với các gen chitinase đã được công bố. Trong nghiên cứu này với mục đích tìm kiếm các gen mã hóa chitinase mới có hoạt tính diệt tuyến trùng và bệnh nấm hại rễ ở cà phê từ 8 56 trình tự với độ tương đồng nhỏ hơn 75 đã lựa chọn được trình tự ChiA_2. Kết quả phân tích trên BLASTP cho thấy ChiA_2 có giá trị điểm tối đa cao nhất đồng thời độ tương đồng của trình tự đạt 72 . Bằng phần mềm InterProscan trình tự gen ChiA_2 được dự đoán có trung tâm hoạt động chứa 9 gốc acid amin FDGIDIDWE nằm ở vị trí acid amin thứ 134-142. Đồng thời trình tự này cũng được khảo sát về các tín hiệu tiết ngoại bào bằng sử dụng phần mềm SignalP server cho thấy ChiA_2 có trình tự của tín hiệu tiết dài 30 acid amin nằm ở đầu N. Trình tự nucleotide gen ChiA_2 bao gồm 1167 nucleotide mã hóa cho 389 acid amin với khối lượng phân tử được dự đoán khoảng 43 kDa. Đoạn gen ChiA_2 với kích thước khoảng 1 2 kb được tổng hợp thiết kế thành công vào vector pET- 21 a và biến nạp vào tế bào E. coli BL21 DE3 bằng phương pháp sốc nhiệt. Protein ChiA_2 đã được chứng minh biểu hiện đặc hiệu trong dòng tế bào E. coli BL21 DE3 tái tổ hợp và có hoạt tính