tailieunhanh - Thiết kế probe để khai thác gen mã hóa pectinesterase từ dữ liệu giải trình tự DNA metagenome và đồng biểu hiện gen GPECS1 của vi khuẩn trong dạ cỏ của dê với chaperone pG-KJE8 trong Escherichia coli
Bài báo giới thiệu các bước xây dựng và sử dụng probe để khai thác gen mã hóa pectinesterase từ dữ liệu giải trình tự DNA metagenome bằng công cụ giải trình tự gen thế hệ mới. Probe được sử dụng để khai thác, lựa chọn gen mã hóa cho pectinesterase từ dữ liệu giải trình tự DNA metagenome của vi khuẩn trong dạ cỏ của dê và từ đó chọn một trình tự để biểu hiện trong E. coli. Theo phân loại của CAZy, pectinesterase thuộc họ carbohydrate esterases CE8 là enzyme có nhiều ứng dụng trong công nghiệp chế biến thực phẩm, xử lý môi trường, chế biến thức ăn chăn nuôi và y dược học. | Thiết kế probe để khai thác gen mã hóa pectinesterase từ dữ liệu giải trình tự DNA metagenome và đồng biểu hiện gen GPECS1 của vi khuẩn trong dạ cỏ của dê với chaperone pG-KJE8 trong Escherichia coli TAP CHI SINH HOC 2018, 40(1): 84-91 Thiết kế probe để khaiDOI: thác gen mã hóa pectinesterase THIẾT KẾ PROBE ĐỂ KHAI THÁC GEN MÃ HÓA PECTINESTERASE TỪ DỮ LIỆU GIẢI TRÌNH TỰ DNA METAGENOME VÀ ĐỒNG BIỂU HIỆN GEN GPECS1 CỦA VI KHUẨN TRONG DẠ CỎ CỦA DÊ VỚI CHAPERONE pG-KJE8 TRONG Escherichia coli Nguyễn Khánh Hoàng Việt1,2,3, Đỗ Thị Huyền1,3, Lê Tùng Lâm1, Phùng Thị Lan1, Nguyễn Thủy Tiên1,4, Phùng Thu Nguyệt1, Trương Nam Hải1,3* 1 Viện Công nghệ sinh học, Viện Hàn lâm KH & CN Việt Nam 2 Viện Công nghệ mới, Viện Khoa học và Công nghệ quân sự 3 Học viện Khoa học và Công nghệ, Viện Hàn lâm KH & CN Việt Nam 4 Trường Đại học Bách khoa Hà Nội TÓM TẮT: Bài báo giới thiệu các bước xây dựng và sử dụng probe để khai thác gen mã hóa pectinesterase từ dữ liệu giải trình tự DNA metagenome bằng công cụ giải trình tự gen thế hệ mới. Probe được sử dụng để khai thác, lựa chọn gen mã hóa cho pectinesterase từ dữ liệu giải trình tự DNA metagenome của vi khuẩn trong dạ cỏ của dê và từ đó chọn một trình tự để biểu hiện trong E. coli. Theo phân loại của CAZy, pectinesterase thuộc họ carbohydrate esterases CE8 là enzyme có nhiều ứng dụng trong công nghiệp chế biến thực phẩm, xử lý môi trường, chế biến thức ăn chăn nuôi và y dược học. Dựa trên 3 trình tự thuộc họ CE8 tìm kiếm được từ cơ sở dữ liệu, chúng tôi đã xây dựng được một probe có độ dài 367 amino acid, trong đó có 200 amino acid hoàn toàn giống nhau, 72 vị trí giống nhau ở đa số các trình tự và 47 vị trí giống nhau ở một số trình tự. Sử dụng probe được thiết kế, chúng tôi đã lọc được 4 trình tự mã hóa cho pectinesterase từ dữ liệu giải trình tự DNA metagenome của vi khuẩn trong dạ cỏ của dê. Kết quả ước đoán cấu trúc không gian
đang nạp các trang xem trước
