tailieunhanh - Phân tích in-silico xác định và mô tả họ gen kháng NBS-LRR ở chuối Musa acuminata

Bệnh hại do vi khuẩn, virus là mối đe dọa nghiêm trọng đối với ngành sản xuất chuối trên thế giới nói chung, Việt Nam nói riêng. Ngoài các biện pháp canh tác, việc khai thác và ứng dụng nguồn gen kháng - phần lớn thuộc họ gen NBS-LRR (Nucleotide binding site - Leucine rich repeat) trong chọn tạo, cải thiện giống chuối là phương thức bền vững để đối phó với dịch bệnh. Hệ gen loài chuối Musa acuminata được giải mã tạo tiền đề cho các nghiên cứu di truyền chuyên sâu, bao gồm xác định họ gen kháng NBS-LRR. | Khoa học Nông nghiệp DOI 12 .52-58 Phân tích in-silico xác định và mô tả họ gen kháng NBS-LRR ở chuối Musa acuminata Trần Đức Trung Tạ Hồng Lĩnh Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam Ngày nhận bài 1 9 2021 ngày chuyển phản biện 6 9 2021 ngày nhận phản biện 7 10 2021 ngày chấp nhận đăng 12 10 2021 Tóm tắt Bệnh hại do vi khuẩn virus là mối đe dọa nghiêm trọng đối với ngành sản xuất chuối trên thế giới nói chung Việt Nam nói riêng. Ngoài các biện pháp canh tác việc khai thác và ứng dụng nguồn gen kháng - phần lớn thuộc họ gen NBS-LRR Nucleotide binding site - Leucine rich repeat trong chọn tạo cải thiện giống chuối là phương thức bền vững để đối phó với dịch bệnh. Hệ gen loài chuối Musa acuminata được giải mã tạo tiền đề cho các nghiên cứu di truyền chuyên sâu bao gồm xác định họ gen kháng NBS-LRR. Trong nghiên cứu này các công cụ tin sinh học đã được sử dụng để xác định mô tả cấu trúc và quá trình tiến hóa của 97 gen NBS-LRR. Ngoại trừ gen Ma_NBS_083 thuộc phân họ RNL các gen kháng còn lại ở chuối M. acuminata thuộc phân họ CNL và hầu hết là gen chứa một exon. 66 gen NBS-LRR 68 được định vị trên 11 nhiễm sắc thể NST 38 gen trong số đó 39 hình thành các cụm gen. Các gen NBS-LRR của chuối được chia thành 7 phân nhóm dựa trên sự đa dạng về trình tự và số lượng cấu trúc các motif bảo thủ đặc trưng cho các vùng chức năng. Kết quả này cung cấp cơ sở khoa học cho các nghiên cứu đánh giá biểu hiện gen kháng và khai thác ứng dụng trong chọn tạo giống chuối. Từ khóa cây phát sinh gen kháng NBS-LRR MEME motif Musa acuminata phân tích in-silico tiến hóa. Chỉ số phân loại Giới thiệu thể tương tự là Toll interleukin-1 Toll interleukin 1 receptor like - TIR vùng xoắn kép Coiled coil - CC hoặc vùng Trải qua quá trình tiến hóa với mối tương tác biến động kháng bệnh phấn trắng số 8 Resistance to powdery mildew liên tục từ các tác nhân gây bệnh virus vi khuẩn nấm 8 - RPW8 4 . Theo đó các phân họ được định danh là TIR- sâu bệnh giới thực vật đã kiến tạo hệ thống miễn