tailieunhanh - Discovery of cell-type specific DNA motif grammar in cis-regulatory elements using random Forest

It has been observed that many transcription factors (TFs) can bind to different genomic loci depending on the cell type in which a TF is expressed in, even though the individual TF usually binds to the same core motif in different cell types. How a TF can bind to the genome in such a highly cell-type specific manner, is a critical research question. One hypothesis is that a TF requires co-binding of different TFs in different cell types. If this is the case, it may be possible to observe different combinations of TF motifs – a motif grammar – located at the TF binding sites in different cell types. In this study, we develop a bioinformatics method to systematically identify DNA motifs in TF binding sites across multiple cell types based on published ChIP-seq data, and address two questions: (1) can we build a machine learning classifier to predict cell-type specificity based on motif combinations alone, and (2) can we extract meaningful cell-type specific motif grammars from this classifier model. |

Bấm vào đây để xem trước nội dung
Tải xuống
TÀI LIỆU LIÊN QUAN

Comparative genomic, transcriptomic, and proteomic reannotation of human herpesvirus 6
17    110    1

Genetical genomics of growth in a chicken model
12    131    2

Computational cancer biology: Education is a natural key to many locks
6    130    1

Comparative genomics reveals broad genetic diversity, extensive recombination and nascent ecological adaptation in Micrococcus luteus
14    88    1

A comparative analysis of heart microRNAs in vertebrates brings novel insights into the evolution of genetic regulatory networks
20    86    1

Integrative genomics of the mammalian alveolar macrophage response to intracellular mycobacteria
20    105    1

Historical genomics reveals the evolutionary mechanisms behind multiple outbreaks of the host-specific coffee wilt pathogen Fusarium xylarioides
24    96    1

Virulence characterization and comparative genomics of Listeria monocytogenes sequence type 155 strains
18    94    1

A comparative genomics study of neuropeptide genes in the cnidarian subclasses Hexacorallia and Ceriantharia
21    97    1

GMIEC: A shiny application for the identification of gene-targeted drugs for precision medicine
7    102    1
TÀI LIỆU XEM NHIỀU

Một Case Về Hematology (1)

8    462336    61

Giới thiệu :Lập trình mã nguồn mở
14    25946    79

Tiểu luận: Tư tưởng Hồ Chí Minh về xây dựng nhà nước trong sạch vững mạnh
13    11336    542

Câu hỏi và đáp án bài tập tình huống Quản trị học
14    10544    466

Phân tích và làm rõ ý kiến sau: “Bài thơ Tự tình II vừa nói lên bi kịch duyên phận vừa cho thấy khát vọng sống, khát vọng hạnh phúc của Hồ Xuân Hương”
3    9836    108

Ebook Facts and Figures – Basic reading practice: Phần 1 – Đặng Tuấn Anh (Dịch)
249    8885    1161

Tiểu luận: Nội dung tư tưởng Hồ Chí Minh về đạo đức
16    8500    426

Mẫu đơn thông tin ứng viên ngân hàng VIB
8    8098    2279

Giáo trình Tư tưởng Hồ Chí Minh - Mạch Quang Thắng (Dành cho bậc ĐH - Không chuyên ngành Lý luận chính trị)
152    7710    1789

Đề tài: Dự án kinh doanh thời trang quần áo nữ
17    7243    268
TỪ KHÓA LIÊN QUAN
TÀI LIỆU MỚI ĐĂNG

ETHICAL CODE HANDBOOK: Demonstrate your commitment to high standards
7    146    1    24-12-2024

Báo cáo nghiên cứu khoa học " Đại hội XVI thông qua điều lệ Đảng cộng sản Trung Quốc những sửa đổi bổ sung mới "
4    161    1    24-12-2024

OPEN SOURCE ERP REASONABLE TOOLS FOR MANUFACTURING SMEs?
1    148    1    24-12-2024

Determini prounoun 1
6    139    0    24-12-2024

longman english 1
5    128    0    24-12-2024

Cách trẻ ăn trái cây có lợi nhất

2    140    1    24-12-2024

Giáo trình hướng dẫn phân tích hệ thống xu pap xả trong động cơ đốt trong dưới tác dụng của nhiệt độ cao p5
5    108    6    24-12-2024

Báo cáo lâm nghiệp: "Les facteurs de productivité du Pin noir d’Autriche (Pinus nigra Arnold. ssp. nigricans Host. austriaca Hoss. Novak) dans les Alpes du Sud"
17    109    0    24-12-2024

Giáo trình đại số lớp 7 - Tiết 25: LUYỆN TẬP I. Mục đích,yu cầu: - Học sinh lm
11    106    0    24-12-2024

Ảnh ĐẶNG QUANG HIẾU: Cái lem nhem đẹp của Hà Nội

10    126    0    24-12-2024
TÀI LIỆU HOT

Mẫu đơn thông tin ứng viên ngân hàng VIB
8    8098    2279

Giáo trình Tư tưởng Hồ Chí Minh - Mạch Quang Thắng (Dành cho bậc ĐH - Không chuyên ngành Lý luận chính trị)
152    7710    1789

Ebook Chào con ba mẹ đã sẵn sàng
112    4406    1371

Ebook Tuyển tập đề bài và bài văn nghị luận xã hội: Phần 1
62    6275    1266

Ebook Facts and Figures – Basic reading practice: Phần 1 – Đặng Tuấn Anh (Dịch)
249    8885    1161

Giáo trình Văn hóa kinh doanh - PGS.TS. Dương Thị Liễu
561    3836    680

Giáo trình Sinh lí học trẻ em: Phần 1 - TS Lê Thanh Vân
122    3918    609

Giáo trình Pháp luật đại cương: Phần 1 - NXB ĐH Sư Phạm
274    4703    565

Tiểu luận: Tư tưởng Hồ Chí Minh về xây dựng nhà nước trong sạch vững mạnh
13    11336    542

Bài tập nhóm quản lý dự án: Dự án xây dựng quán cafe
35    4502    490