Năm Mậu Ngọ (1558) Đoan quốc công Nguyễn Hoàng vâng lệnh vua Lê vào trân thủ đâ't Thuận Hóa, ông lập Thiên Mụ (còn gọi là Linh Mụ) vào năm Tân Sửu (1601) trên ngọn đồi Hà Khê, nhìn sang Long Thọ Cương.
Theo truyền thuyết, Nguyễn Hoàng làm vậy vì tuân theo lời chỉ bảo của một vị nữ thần báo mộng “thắp một nén nhang đi đến nơi nào nhang tàn thì lập kinh đô ở đó”. Đóng đô ở Phú Xuân, ông bèn dựng chùa để nhớ ơn bà, vừa để tụ long khí cho nghiệp đế của mình. Trong gần 400 năm lịch sử, ngôi chùa đã gắn liền với biết bao thăng trầm, đổi thay của triều Nguyễn.
Theo bia khí dựng ở chùa năm Ất Mùi (1715) tả lại cảnh chùa Thiên Mụ như sau: Từ ngoài vào có các điện Thiên Vương, Ngọc Hoàng, Đại Hùng, nhà thuyết pháp, tàng kinh các. Hai bên xây lầu chuông, trông. Kế tiếp là điện thập vương, nhà Vân Thủy, nhà Tri vị, điện Đại Bi, điện Dược sư, tăng liêu, thiền xá... Ở sau chùa là vườn Tỳ da, nhà Phương Trượng, vài chục sở...
Chùa Thiên Mụ đạt đến đỉnh cao huy hoàng, được quan tâm trân trọng nhất vào đời Minh Vương Nguyễn Phước Châu (1691 - 1725), ông là một vị tướng rất mộ đạo Phật, có tài thơ, họa. Đến nay, trải qua năm tháng bể dâu nhưng ngôi chùa vẫn còn đó như một biểu tượng của xứ Huế đẹp và thơ. Mỗi khi nhớ đến Hà Nội nghìn năm văn vật, người ta nghĩ ngay đến chùa Một Cột, đến thành phố Hồ Chí Minh biếu tượng là chợ Bến Thành, thì nói đến Huế không có gì khác hơn là hình ảnh chùa Thiên Mụ.
Gió lay canh trúc la đà
Tiếng chuông Thiên Mụ canh gà Thọ Xương
Người dân xứ Huế không ai mà không thuộc hai câu ây. Có lần thăm Huế nếu muốn đi viếng thăm chùa Thiên Mụ du khách có thể đi theo đường bộ, qua “Kim Long “gái đẹp mĩ miều” trẫm thương, trầm nhớ, trẫm liều, trẫm đi...” là đến nơi.
Nhưng tuyệt vời nhất vẫn là đi bằng đường thủy. Con thuyền chầm chậm ngược dòng Hương, phóng tầm mắt nhìn đồi Long Thọ sau hàng phượng vĩ đỏ thắm, quê của giáo sư Tôn Thất Tùng. Hoặc làng Nguyệt Biểu nổi tiếng với dòng họ Thân Trọng, Hoàng Trọng danh sĩ một thời.
Đến bến đỗ, ngước mắt nhìn lên thây ngọn tháp cao vút đang trầm tư mặc tưởng. Nước sông đoạn này xanh ngắt, dùng dằng ngừng chảy... lưu luyến với cảnh sắc nên thơ.