tailieunhanh - Ứng dụng phần mềm tin sinh học bionumerics trong phân tích genotyp virus rubella

Phần mềm BioNumerics hiện được công nhận là phần mềm tin sinh học hiện đại với nhiều tính năng nổi bật. BioNumerics lần đầu tiên được áp dụng trong phân tích đặc điểm di truyền của chủng virus Rubella phân lập từ các dịch tại miền Nam Việt Nam trong năm 2007. Cây phát sinh loài của virus Rubella được dựng bởi phàn mềm BioNumerics dựa trên chuỗi ADN genom E1. So sánh với các genotyp chủng Rubella lưu hành tại các nước khác cho thấy chủng Rubella hoang dã đã lưu hành tại Việt Nam được xác địnhthuộc nhóm RGII - 2B. Genotyp Rubella Việt Nam có sự tương đồng cao nhất đạt 97-98% so với các genotyp đã công bố. Điều này cho thấy genotyp virus Rubella Việt Nam có sự thay đổi và khác biệt với các kiểu gen hiện lưu hành trên thế giới. | ỨNG DỤNG PHẦN MÈM TIN SINH HỌC BIONUMERICS TRONG PHÂN TÍCH GENOTYP VIRUS RUBELLA Nguyễn Hạnh Phúc Nguyễn Thanh Long Trần Thị Nguyệt Lan Nguyễn Thị Thu Thuỷ Nguyễn Thái Bằng Nguyễn Quốc Anh Nguyễn Mỹ Hà Nguyễn Mạnh Hấ Valeri Caro Sylvan Briss Vabret Asrid Francois Freymuth Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương Hà Nội Viện Pasteur thành pho Hồ Chí Minh VNBIOLAB Hà Nội. Viện Pasteur Paris Pháp CHU Caen Pháp TÓM TẮT Phần mềm BioNumerics hiện được công nhận là phần mềm tin sinh học hiện đại với nhiều tinh năng nổi bật. BioNumerics lần đầu tiên được áp dụng trong phân tích đặc điểm di truyền của chủng virus Rubella phân lập từ các vụ dịch tại miền Nam VN trong năm 2007. Cây phát sinh loài cùa virus Rubella được dựng bởi phần mềm BioNumerics dựa trên chuỗi ADN genom E1. So sánh với các genotyp chủng Rubella lưu hành tại các nước khác cho thấy chủng Rubella hoang dã lưu hành tại Việt Nam được xác định thuộc nhóm RGII - 2B. Genotyp Rubella Việt Nam có sự tương đồng cao nhất đạt 97-98 so với các genotyp đã công bố. Điều này cho thấy genotyp virus Rubella Việt Nam có sự thay đổi và khác biệt với các kiểu gen hiện lưu hành trên thế giới. Từ khoá Rubella ADN genom E1 genotyp RGII 2B cây phả hệ tin sính học. I. ĐẶT VẤN ĐÈ Tin sinh học là một ngành khoa học mói phát triển dựa trên sự kết nối giữa Công nghệ tin học và Sinh học. Những thành tựu của Tin sinh học dã hỗ trợ mạnh mẽ trong việc đưa Sinh học Y học vào giải quyết những công việc thực tiễn. Tin sinh học còn là công cụ hữu ích trong việc xử lý các dữ liệu thông tin về trình tự ADN của các bộ gen lập bản đồ phát sinh và phân bố các genotyp cùa các loài vi sinh lưu hành theo vùng địa lý và theo thòi gian. 1 Phần mềm bản quyền BioNumerics của Hãng Applied Maths Bỉ là tổng hợp các giải pháp nghiên cứu về xử lý các thông tin sinh học. Chương trình cho khả năng nhập xử lý truy vấn thăm dò khai thác tích họp mạng và trao đổi nhiều loại dữ liệu khác nhau. 2 Trong nghiên cứu này phần mềm BioNumerics lần đầu tiên được ứng dụng trong phân .