tailieunhanh - Khảo sát vai trò của lực lượng tử đến quá trình gắn kết phối tử liên kết amino axit của protein trong các tính toán hồi phục bán lượng tử

In the present article, we address the question that how important role do the Quantum Mechanic (QM) and Molecular Mechanics (MM) forces play in ligand docking on protein, via the use semi-quantum relaxation approach (SQRA) using different forces, . quantum, Van der Waals and Coulomb ones, in the process of ligand - protein docking. The QM approximation is applied to calculate the QM forces of neighbor protein-atoms acting on ligands. The L-J 6-12 empirical potential model and Coulomb rule are applied to calculate the forces from the rest protein-atoms on each ligand - atom. This work intent to investigate the intrinsic role of QM forces in the ligand-protein docking calculation then interprets the interaction between ligands and protein. The calculation results shown that, the ligand-protein complex is kept in by stable state not by covalent bonding but darling interaction which could be calculated by QM appoximation. | Tạp chí Hóa học T. 45 ĐB Tr. 6 -10 2007 KHẢO SÁT VAI TRÒ CỦA LựC LƯỢNG TỬ ĐEN QUÁ TRÌNH GẮN KET PHỐI TỬ LÊN CÁC AMINO AXIT CỦA PROTEIN TRONG CÁC TÍNH TOÁN HỒI PHỤC BÁN LƯỢNG TỬ Đến Tòa soạn 4-7-2007 NGUyỄN HŨU THỌ ĐẶNG ÚNG VẬN Trung tâm ứng dụng Tin học trong Hóa học ĐH KHTN ĐHQG Hà Nội SUMMARy In the present article we address the question that how important role do the Quantum Mechanic QM and Molecular Mechanics MM forces play in ligand docking on protein via the use semi-quantum relaxation approach SQRA using different forces . quantum Van der Waals and Coulomb ones in the process of ligand - protein docking. The QM approximation is applied to calculate the QM forces of neighbor protein-atoms acting on ligands. The L-J 6-12 empirical potential model and Coulomb rule are applied to calculate the forces from the rest protein-atoms on each ligand - atom. This work intent to investigate the intrinsic role of QM forces in the ligand-protein docking calculation then interprets the interaction between ligands and protein. The calculation results shown that the ligand-protein complex is kept in by stable state not by covalent bonding but darling interaction which could be calculated by QM appoximation. I - MỞ ĐẦU Trong những công trình trước 1 chúng tôi đã trình bày những kết quả thu được trong việc khảo sát bến đỗ docking của các phân tử nhỏ CO H2O và NH2 2CO gắn kết lên các bazơ nitơ của DNA sử dụng thuật giải di truyền và phương pháp hổi phục bán lượng tử. Những kết quả nghiên cứu với DNA cho thấy quá trình hổi phục phụ thuộc hai loại lực lực lượng tử QM giữa các nguyên tử của phối tử và nhóm bazơ nitơ tạo đám và lực cơ học cổ điển MM giữa các nguyên tử của phố i tử và các nguyên tử còn lại trong phân tử protein. Lực lượng tử quyết định quá trình gắn kết tuy nhiên không phải lúc nào cũng chi phố i quá trình gắn kết. Lực cổ điển được tính theo hàm thế kinh nghiệm Lernnard -Jones 6-12 Birmingham hoặc Coulomb có vai trò lớn đưa phố i tử từ xa tiến lại gần vị trí gắn

• Hoá học
• Công nghệ hóa
• Lực lượng tử
• Quá trình gắn kết
• Phối tử liên kết
• Amino axit
• Bán lượng tử
• Kỹ thuật hệ thống công nghệ hóa học
• Hệ thống công nghệ hóa học
• Công nghệ hóa học
• Tối ưu hóa
• Quá trình công nghệ hóa học
• Phương pháp giải thích
• Quy hoạch toán học
• Phương pháp gradient
• Mô hình hóa công nghệ hóa học
• Nghiên cứu công nghệ hóa học
• Mô tả công nghệ hóa học
• giáo trình công nghệ hóa học
• thiết bị công nghệ hóa học
• bài giảng công nghệ hóa học
• công nghệ hóa chất
• tài liệu công nghệ hóa chất
• áp dụng công nghệ hóa chất
• tìm hiểu công nghệ hóa chất
• nghiên cứu công nghệ hóa chất
• công nghệ hóa dầu
• bài giảng công nghệ hóa dầu
• giáo trình công nghệ hóa dầu
• tài liệu công nghệ hóa dầu
• lý thuyết công nghệ hóa dầu