tailieunhanh - Bài giảng Tin sinh học: Chương 2 - ThS. Nguyễn Thành Luân

Nội dung chính của chương 2 Cơ sở dữ liệu tin sinh học của bài giảng Tin sinh học nắm được những nguyên tắc so sánh các trình tự sinh học. Sử dụng chương trình BLAST giúp chúng ta nhanh chóng tìm ra những trình tự sinh học tương đồng (nếu có trong các CSDL lớn như NCBI, EMBL, DDPJ ) với trình tự yêu cầu. Cung cấp những số liệu về tỉ lệ tương đồng, nguồn gốc các trình tự tương đồng. | 13 03 2013 TRƯỜNG ĐẠI HỌC CÔNG NGHIỆP THỰC PHẨM TPHCM KHOA CNSH KTMT HỆ ĐẠI HỌC Chương II Cơ sở dữ liệu Tin sinh học Bioinformatic Databases Sự thử thách của nguồn thông tin mở GV ThS. Nguyễn Thành Luân luannt@ Mục tiêu của bài học Nắm được những nguyên tắc so sánh các trình tự sinh học Sử dụng chương trình BLAST giúp chúng ta nhanh chóng tìm ra những trình tự sinh học tương đồng nếu có trong các CSDL lớn như NCBI EMBL DDPJ. với trình tự yêu cầu. Cung cấp những số liệu về tỉ lệ tương đồng nguồn gốc các trình tự tương đồng . 1 13 03 2013 Nội dung bài học Khái niệm cơ sở dữ liệu CSDL Các công cụ về cơ sở dữ liệu - GenBank - BankIt - BLAST Các nguồn cơ sở dữ liệu sinh học cơ bản Các công cụ tìm kiếm dữ liệu Phân loại CSDL Tin sinh học WHAT ARE DATABASES Cơ sở dữ liệu là gì Là tổ chức các chuỗi thông tin theo dạng tệp Thông tin có thể bỏ vào và lấy ra bất kỳ khi nào Ease of Access Đơn giản hóa nguồn thông tin bằng các ký hiệu đặc biệt Số hóa - Digital databases Lưu trữ mọi nguồn dữ liệu thông qua các ngân hàng CSDL là các website Chứa đựng các khám phá mới trong nghiên cứu khoa học 2 13 03 2013 Chức năng nhiệm vụ CSDL Định nghĩa và miêu tả Chìa khóa duy nhất về Cập nhật các phiên bản phần mềm tin sinh học Liên kết tới những nguồn CSDL khác - Lưu trữ tài liệu Ấn bản cập nhật và chỉnh sửa tài liệu trình tự dựa trên nguồn của CSDL . Cơ sở dữ liệu sinh học Biological databases Trình tự DNA RNA và protein hoặc 1 gene Hầu hết các trường hợp 1 trình tự protein được hiểu là 1 trình tự trong sinh học Hiểu rõ các dạng khác nhau của trình tự là mấu chốt cho bất cứ sự giai thích vấn đề nào. Phân tích các lỗi có thể xuất hiện trên trình tự nhằm so sánh các sự khác biệt giữa các trình tự.