tailieunhanh - Báo cáo " Tính năng lượng tự do Hydrat hoá của chất tương tự Axit amin bằng phương pháp động lực phân tử "

Tính năng lượng tự do Hydrat hoá của chất tương tự Axit amin bằng phương pháp động lực phân tử | Tạp chí Hóa học T. 47 6 Tr. 709 - 715 2009 TÍNH NĂNG LƯỢNG Tự DO HYDRAT HOÁ CỦA CHẤT TƯƠNG Tự AXIT AMIN BẰNG PHƯƠNG PHÁP ĐỘNG Lực PHÂN TỬ Đèn Tòa soạn 24-12-2008 ĐẶNG ÚNG VẬN1 NGUYỄN HOẠ MY2 1 Trường Đại học Hoà Bình Hà Nội 2Trung tâm ứng dụng tin trong hoá học ĐH Khoa học Tự nhiên ĐHQG Hà Nội ABSTRACT The paper deals with molecular dynamics calculation of solvation free energy of some amino acid side chain analogs in water hy GROMACS software and following Dillgroup calculation procedure. We calculated the f ee energy for turning off the Lennard-Jones interactions of 8 amino acid analogs including methane Ata n-butan Ile isohutan Leu propanefVal acetamid Asn p-cresoUTyr. etanol Thr and metanoHSer represented with the OPLS-AA force field in TIP3P water models. We achieved a high degree of statistical precision in molecular dynamic simulations and hy thermodynamic intergration method obtained the deviation of calculated fee energy of hydration of about - kcal mol from the experimental hydration f ee energy measurements of the same molecules. I - MỞ ĐẨƯ Tính toán năng lượng tự do là một trong những việc khó nhất và tốn kém thời gian máy nhất của động lưc phân tử. Tuy vậy về nguyên tắc phương pháp này cho kết quả khá phù hợp với thực nghiệm và có thể dự báo chính xác năng lượng tự do của các quá trình hoá lý 1 không kèm theo việc cắt đứt và hình thành các hèn kết cộng hoá trị ví dụ như quá trình xonvat hoá. quá trình tao phức Michaelis giữa phối tử và protein . Kết quả tính toán năng lượng tư do tnường rất nhạy với việc lưa chọn môt số điều kiện biên vốn không quan trọng đối với phép tính động lưc phân tử thông thường. Ví du như khi xử lý phần khoảng tác dụng xa của lưc Coulomb bằng thuật toán lưới hat Ewald PME các tham số PME vốn dủ dùng cho các tính toán dộng lưc phân từ thông thường thì lai có thê cho sai số nghiêm trọng trong việc tính toán năng lượng tư do cúa quá trình thay đổi điên tích iéng phần trên một phân tử. Vì thế với những tính toán năng .