tailieunhanh - Báo cáo " Khảo sát khả năng gắn kết Co của các bazơ nitơ trong chuỗi DNA bằng phương pháp hồi phục bán lượng tử "

Khảo sát khả năng gắn kết Co của các bazơ nitơ trong chuỗi DNA bằng phương pháp hồi phục bán lượng tử | Tạp chí Hóa học T. 45 5 Tr. 614 - 618 2007 KHẢO SÁT KHẢ NĂNG GẮN kết co của các BAZO NITO TRONG CHUỖI DNA BẰNG PHƯƠNG PHÁP HỎI PHỤC BÁN LƯỢNG TỬ Đến Tòa soạn 12-4-2007 NGUYỄN HŨU THỌ ĐẬNG ÚNG VẬN Trung tâm ứng dụng tin trong hóa học Đại học Quốc gia Hà Nội SUMMARY The paper deals with upgrading semi-quantum relaxation method to study the ability of docking CO on nitrogen base groups ofDNA. Taking into the whole simulated box covering DNA the priority places where co molecular docked on could be defined. The structures of the clusters created by co docking on DNA have also been investigated. The energy change of the cluster formation lays between physical and chemical adsorption one which could not be studied successfully by cluster approximation on Gaussian or Gamess software. I - MỞ ĐẦU Trong công trình trước 1 chúng tối đã trình bày những kết quả bước đầu thu được trong việc khảo sát bến đỗ docking cho các phân tử co trên DNA sử dụng thuật giải di truyền và phương pháp hồi phục động lực phân tử bán lượng tử. Những kết quả thu được trong 1 chỉ mới dừng ở những bến đỗ cục bộ khi khồng gian khảo sát được giới hạn trong vùng lân cận của nhóm bazơ nitơ được chọn. Trong bài báo này để mở rộng không gian khảo sát ra toàn bộ hộp mô phỏng chứa phân tử DNA chúng tôi sử dụng kỹ thuật lưới grid chia hộp mô phỏng thành các phần tử nhỏ element đặt tâm khối phân tử CO vào giữa các hộp nhỏ và sử dụng hàm ngẫu nhiên để định hướng co trong hộp và việc tối ưu năng lượng được thực hiện lần lượt với tất cả các hộp nhỏ này. Đổ cấu trúc đám cluster mà phân tử CO gắn kết lên phù hợp với thực tế chúng tôi sử dụng nguyên tử H thay thế cascadeur cho nguyên tử c liên kết nhóm bazơ nitơ và axit riboz. Việc khảo sát nâng lượng và cấu trúc đám hình thành tại vị ưí cân bằng CO - DNA cho ta những thông tin để kết luận về 614 khả năng cũng như bản chất của sự gắn kết co lên phân tử DNA. II - Cơ SỞ LÝ THUYẾT Gần đúng SQMD đã được trình bày chi tiết trong .những công trình trước đây của tác giả 4 .