tailieunhanh - Báo cáo " Kết hợp thuật giải di truyền với gần đúng đám nguyên tử xác định vị trí gắn kết công nghiệp trên DNA "

Kết hợp thuật giải di truyền với gần đúng đám nguyên tử xác định vị trí gắn kết công nghiệp trên DNA | Tạp chí Hóa học T. 45 4 Tr. 461 - 466 2007 KẾT HỢP THUẬT GIẢI DI TRUYỀN VỚI GẦN ĐÚNG ĐÁM NGUYÊN TỬ XÁC ĐỊNH VỊ TRÍ GẮN kết co trên DNA Đến Tòa soạn 2-1-2007 ĐẶNG ÚNG VẬN Trung tâm ứng dụng tin trong hóa học Đại học Quốc gia Hà Nội SUMMARY The paper deals with combining genetic algorithm and quantum chemistry to determine the docking of small molecules on DNA. The atomic clusters including co and different atoms of Ademin group of DNA molecule have been chosen to calculate. The results shown that there are five factors affected the solution evolution the exactness of software using to calulate quantum energy of cluster the search space the selection of DNA atoms info cluster selecting fitness function and mutate probability. The restriction of search space and enlargement of cluster size and selecting appropriate parameters will give the resonable optimal configuration of co docking on DNA. I - MỞ ĐAU Trong những công trình gần đây 1 2 chúng ta có thể thấy sự quan lâm của nhiều tác giả đối với quá trình gắn kết những phân tử nhỏ trên các phân tử sinh học DNA protein . bằng các thuật giải khác nhau. Việc tìm bến đỗ docking cho một phân tử nhỏ trên các phân tử sinh học sẽ cho chúng ta biết được những thông tin về tương tác phân tử về những vị trí được ưu tiên lựa chọn đối với mỗi phân tử nhỏ khác nhau và trạng thái cân bằng hồi phục cân bằng động cũng như năng lượng hồi phục ở mỗi vị trí tương ứng trên DNA Nhược điểm chung của các phương pháp được trình bày trong 2 là chưa quan tâm đến các tính toán lượng tử cần thiết khi xuất hiện những tiếp cận nguyên tử - nguyên tử ở khoảng cách gần. Cũng đã có những đề xuất sử dụng mô hình đám cluster đối với các hệ phân tử nhỏ -protein tương tự như khi nghiên cứu quá trình hấp phụ phân ly phân tử trên mặt vật rắn 3 4 Nhược điểm chung của kỹ thuật đám là tách riêng các nguyên tử được lựa chọn của phân tử sinh học ra khỏi hệ và khảo sát độc lập đối với các nguyên tử còn lại theo một mô hình định sẩn. Rõ ràng rằng ớ đây có vấn đề .