tailieunhanh - Báo cáo hóa học: " Detecting controlling nodes of boolean regulatory networks"

Tuyển tập các báo cáo nghiên cứu về hóa học được đăng trên tạp chí sinh học đề tài :Detecting controlling nodes of boolean regulatory networks | Schober et al. EURASIP Journal on Bioinformatics and Systems Biology 2011 2011 6 http content 2011 1 6 s EURASIP Journal on Bioinformatics and Systems Biology a SpringerOpen Journal RESEARCH Open Access Detecting controlling nodes of boolean regulatory networks 1 1 12 1 Steffen Schober David Kracht Reinhard Heckel and Martin Bossert Abstract Boolean models of regulatory networks are assumed to be tolerant to perturbations. That qualitatively implies that each function can only depend on a few nodes. Biologically motivated constraints further show that functions found in Boolean regulatory networks belong to certain classes of functions for example the unate functions. It turns out that these classes have specific properties in the Fourier domain. That motivates us to study the problem of detecting controlling nodes in classes of Boolean networks using spectral techniques. We consider networks with unbalanced functions and functions of an average sensitivity less than 3k where k is the number of controlling variables for a function. Further we consider the class of 1-low networks which include unate networks linear threshold networks and networks with nested canalyzing functions. We show that the application of spectral learning algorithms leads to both better time and sample complexity for the detection of controlling nodes compared with algorithms based on exhaustive search. For a particular algorithm we state analytical upper bounds on the number of samples needed to find the controlling nodes of the Boolean functions. Further improved algorithms for detecting controlling nodes in large-scale unate networks are given and numerically studied. 1 Introduction The reconstruction of genetic regulatory networks using possibly noisy expression data is a contemporary problem in systems biology. Modern measurement methods for example the so-called microarrays allow measuring the expression levels of thousands of genes under particular conditions. A

• Báo cáo khoa học
• báo cáo khoa học
• báo cáo hóa học
• công trình nghiên cứu về hóa học
• tài liệu về hóa học
• cách trình bày báo cáo
• trình bày báo cáo
• tài liệu báo cáo khoa học
• cách trình bày báo cáo khoa học
• báo cáo khoa học sinh học
• báo cáo khoa học toán học
• luận văn mẫu
• người lính việt nam
• sau chiến tranh
• tuyển tập báo cáo khoa học
• báo cáo ngành triết học
• báo cáo ngành lịch sử
• báo cáo ngành văn học
• nghiên cứu khoa học
• báo cáo về văn học
• báo cáo triết học
• báo cáo văn học
• chuyên đề văn học
• văn học nghệ thuật
• văn học Việt NAm
• báo cáo ngành toán học
• báo cáo ngành vật lý
• báo cáo ngành chăn nuôi
• văn học Trung Hoa
• báo cáo khoa học kinh tế
• Kỷ yếu tóm tắt báo cáo khoa học
• Báo cáo khoa học y học
• Báo cáo y học
• Hội nghị khoa học tim mạch
• Báo cáo khoa học y khoa
• Tăng huyết áp
• báo cáo sinh học
• bảo tồn nguồn gen
• báo cáo ngành kỹ thuật
• Báo cáo quản lý chất thải sinh hoạt
• Báo cáo khoa học môi trường
• Báo cáo khoa học công nghệ
• Nghiên cứu khoa học về môi trường
• Đề tài nghiên cứu khoa học
• Báo cáo nghiên cứu khoa học