tailieunhanh - Giáo trình Tin - Sinh học part 7

Tham khảo tài liệu 'giáo trình tin - sinh học part 7', khoa học tự nhiên, công nghệ sinh học phục vụ nhu cầu học tập, nghiên cứu và làm việc hiệu quả | Phiên bản xử lý trực tuyến BLAST mới nhất của ngân hàng dữ liệu NCBI hiển thị các chương trình này độc lập với nhau dưới dạng nucleotide - nucleotide BLAST protein protein BLAST và translating BLAST nên ngay từ đầu người phân tích đã phải truy cập trực tiếp vào các trang chương trình riêng này. Hình . biểu thị giao tiếp hiển thị nucleotide - nucleotide BLAST . 2 Bước 2 Nhập dữ liệu Chương trình xử lý trực tuyến BLAST cho phép nhập dữ liệu chuỗi phàn tích trực tiếp dạng ký tự qua bàn phím hay nhập dữ liệu đã được viết theo một trong ba ngôn ngữ là FASTA sequence format Identifiers NCBI Accessions numbers Gis và Bare Sequence . Theo ngôn ngữ FASTA chuồi dữ liệu được viết thành hai phần Dòng đẩu bắt đầu bằng ký tự hoặc gi . chỉ kích thước chuỗi lớn hơn. và tiếp theo là thông tin chung về chuôi các dòng sau là trình tự cấu trúc chuỗi viết liên tục không để cách dòng trống ở giữa thí dụ gí 129295 sp P01013 OVAX_CHICK GENE X PROTEIN OVALBUMIN-RELATED QIKDLLVSSSTDLDTTLVLVNAIYFKGMWKTAFNAEDTREMPFHVTKQESKPVQMMCMNK MKILELPFASGDLSMLVLLPDEVSDLERlEKTtNFEKLTEWTNPNTMEKRRVKVYLPQMKVL MALGMTDLFIPSANLTGISSAESLKISQAVHGAFMELSEDGIEMAGSTGVIEDIKHSPESEQ FRADHP FLFLIKHNPTNTtVYFGRYWSP Ngôn ngữ Bare Sequence cũng viết tương tự như ngôn ngữ FASTA song không có dòng thông tin chung ban đầu mà chỉ có dòng trình tự cấu trúc chuõĩ với dạng như sau QIKDLLVSSSTDLDTTLVLVNAIYFKGMWKTAFNAEDTREMPFHVTKQESKPV KMKILELPFASGDLSMLVLLPDEVSDLERIEKTINFEKLTEWTNPNTMEKRRVK VLMALGMTDLFIPSANLTGISSAESLKISQAVHGAFMELSEDGIEMAGSTGVIED IKHSPESEQFRADHP FLFLIKHNPTNTIVYFGRYWSP 92 http www ncbi nlm nih gov blast Bla Jform 1 Search Set subsequence Now BLAST Choose database Do CD-Search Options for advanced blasting Limit by entrez r query Compogitm- based statistics Choose filter or select from I All organisms r Low complexity r Mask for lookup table only r Mask lower case Matrix IBLQSUM62 Gap Costs I Existence 11 Extension 1 PSSM Other advanced I PHI pattern Format __ Show I- Graphical Overview r .