tailieunhanh - Luận văn : THU THẬP VÀ TỔ CHỨC DỮ LIỆU GENE PHỤC VỤ NGHIÊN CỨU CÂY TRỒNG BIẾN ĐỔI DI TRUYỀN part 3

Vì không có cách nào mô tả hết các công cụ có sẵn, dƣới đây chỉ trích một vài công cụ phổ biến dùng trong phân tích trình tự sinh học. . Readseq Readseq là một phần mềm cũ, ra đời từ năm 1989. Đƣợc phát triển bởi Don Gilbert, chƣơng trình này đọc và viết trình tự nucleotide và protein sang nhiều định dạng hữu dụng. Công cụ này đƣợc viết bằng ngôn ngữ Java. | PHẦN B TỔNG QUAN - Giới thiệu Bioinformatics - Vài công cụ 31 . Vài công cụ Bioinformatics hiện nay Vì không có cách nào mô tả hết các công cụ có sẵn dưới đây chỉ trích một vài công cụ phổ biến dùng trong phân tích trình tự sinh học. . Readseq Readseq là một phần mềm cũ ra đời từ năm 1989. Được phát triển bởi Don Gilbert chương trình này đọc và viết trình tự nucleotide và protein sang nhiều định dạng hữu dụng. Công cụ này được viết bằng ngôn ngữ Java. . BLAST BLAST Basic Local Alignment Search Tools là công cụ được biết tốt nhất trong phân tích trình tự. Nó so sánh hai trình tự bởi cố gắng gióng align chúng và cũng được dùng để tìm kiếm trình tự trong cơ sở dữ liệu. Thuật toán bắt đầu bởi tìm kiếm sự so khớp chính xác sau đó mở rộng vùng đã được gióng bởi những so khớp không chính xác mismatches . blastall cho phép sử dụng tất cả các chương trình BLAST blastn blastp blastx và tblastn . Bảng sau đây tóm tắt trình tự dùng truy vấn Query sequence trình tự cơ sở dữ liệu Database sequence và loại gióng trình tự Alignment sequence đối với lệnh BLAST khác nhau. Program Query sequence type Database sequence type Alignment sequence type blastn nucleotide Nucleotide nucleotide blastp protein Protein protein blastx nucleotide Protein protein tblastn protein Nucleotide protein tblastx nucleotide Nucleotide protein Bảng Bảng liệt kê một số chương trình BLAST megablast sử dụng thuật toán gióng trình tự nucleotide tìm kiếm và nối nhiều trình tự truy vấn để giảm thời gian quét scanning qua cơ sở dữ liệu. NGUYỄN KỲ TRUNG - LÊ THÀNH TRUNG PHẦN B TỔNG QUAN - Giới thiệu Bioinformatics - Vài công cụ 32 blastpgp thực hiện blastp có khe gap và có thể được dùng để thực hiện lặp đi lặp lại tìm kiếm ở chế độ psi-blast và phi-blast. PSI-BLAST Position-Specific Iterated BLAST là sự tìm kiếm lặp lại trong đó các trình tự tìm thấy trong một vòng tìm kiếm được dùng để xây dựng mô hình tính điểm cho vòng tìm kiếm kế tiếp. PHI-BLAST Pattern-Hit Initiated BLAST là chương trình .

TỪ KHÓA LIÊN QUAN
crossorigin="anonymous">
Đã phát hiện trình chặn quảng cáo AdBlock
Trang web này phụ thuộc vào doanh thu từ số lần hiển thị quảng cáo để tồn tại. Vui lòng tắt trình chặn quảng cáo của bạn hoặc tạm dừng tính năng chặn quảng cáo cho trang web này.