tailieunhanh - ASAP: Amplification, sequencing and Annonation of Plastome

Thông tin trình tự DNA được đánh giá là điều kiện tiên quyết trong các nghiên cứu so sánh, cấu trúc và chức năng bộ gene, đặc biệt là các plastids. Thông thường, bước đầu tiên trong việc khai thác thông tin giá trị bên trong bộ gene lục lạp (plastid có màu xanh chịu trách nhiệm quanh hợp ở thực vật) đó là phải đọc toàn bộ trình tự bộ gene lục lạp từ các dòng BAC hoặc plasmid. | ASAP Amplification sequencing and Annonation of Plastome Thông tin trình tự DNA được đánh giá là điều kiện tiên quyết trong các nghiên cứu so sánh cấu trúc và chức năng bộ gene đặc biệt là các plastids. Thông thường bước đầu tiên trong việc khai thác thông tin giá trị bên trong bộ gene lục lạp plastid có màu xanh chịu trách nhiệm quanh hợp ở thực vật đó là phải đọc toàn bộ trình tự bộ gene lục lạp từ các dòng BAC hoặc plasmid. Các công việc này liên quan đến các quy trình chuẩn bị khá phức tạp như tách DNA của lục lạp hoặc nhận diện các dòng BAC đặc hiệu chứa bộ gene lục lạp để đọc trình tự. Gần đâyngười ta có khuynh hướng sử dụng kỹ thuật khuếch đại vòng lăn tròn RCA-rolling circle amplification nhằm để khuyếch đại toàn bộ bộ gene lục lạp từ các mẫu DNA lục lạp tinh sạch sau đó sản phẩm PCR sẽ được cắt ngắn ngẫu nhiên dòng hóa và đọc trình tự. Trên tờ BMC Genomics số 2005 6 176 Amit Dhingra và Kevin M. Folta Đại học Florida đã báo cáo một kỹ thuật dựa trên PCR hiệu xuất cao nhằm đe khuyếch đại đọc trình tự và tích hợp thông tin trình tự bộ gene từ DNA tổng số. Kết quả nghiên cứu tiến hành cho thấy kỹ thuật này có ưu điểm cả về thời gian lẫn giá thành thực hiện. Phương pháp này tập trung khái thác các vùng mã hóa có độ bảo tồn cao hoặc các cùng chèn nằm trên bộ gene plastid. Theo đó trình tự plastid của 5 loài hai lá mầm được sắp xếp thẳng hành nhằm dò tìm vùng bảo tồn. Sau đó các cặp mồi anh em được thiết kế sao cho tạo ra các sản phẩm khuyếch đại dài 1 kb chồng lấp lên nhau từ .