tailieunhanh - Phân tích nhóm gen chính đáp ứng với stress hạn và mặn ở cây đậu gà (Cicer arietinum) bằng phân tích dữ liệu giải mã hệ phiên mã

Mục tiêu của nghiên cứu này nhằm xác định các nhóm gen chính có mức độ biểu hiện khác biệt (DEG) tại mẫu rễ trong điều kiện stress hạn và mặn ở cây đậu gà (Cicer arietinum). Bằng cách khai thác các bộ dữ liệu microarray liên quan đến stress hạn và mặn ở đậu gà, tổng cộng 41 DEG (|fold-change| ≥ 15), bao gồm 15 DEG tăng cường biểu hiện mạnh (fold-change ≥ 15) và 26 DEG kìm hãm biểu hiện mạnh (fold-change ≤ -15) đã được sàng lọc ở mẫu rễ trong điều kiện stress hạn và mặn ở cây đậu gà. | TNU Journal of Science and Technology 227 05 163 - 170 ANALYSIS OF A CORE SET OF DROUGHT AND SALT THE DROUGHT AND SALT-RESPONSIVE GENES BY EXPLORING MICROARRAY DATASETS IN CHICKPEA Cicer arietinum Nguyen Quoc Trung1 Tong Van Hai1 Trinh Thi Lam Hong1 La Viet Hong2 Phan Thi Thu Hien2 Tran Van Tien4 Chu Duc Ha3 1Vietnam National University of Agriculture 2Hanoi Pedagogical University 2 3VNU - University of Engineering and Technology 4National Academy of Public Administration ARTICLE INFO ABSTRACT Received 27 02 2022 The purpose of this research was to define a core set of differentially expressed genes DEGs in roots under the drought and salt stress in chickpea Revised 18 4 2022 Cicer arietinum . By exploring all potential microarray datasets related to Published 18 4 2022 drought and salt stress in chickpea a total of 41 DEGs fold-change 15 including 15 highly up-regulated fold-change 15 and 26 highly down- regulated fold-change -15 genes was screened in drought- and salt- treated KEYWORDS roots. By annotating against the assemblies of chickpea we found that most Chickpea of 41 DEG-encoded proteins were annotated as functional and regulatory proteins. Next our results indicated that 41 DEG-encoded proteins were Drought stress highly variable in physic-chemical features like sizes molecular weights iso- Salt stress electric points instability index and grand average of hydropathy. Transcriptome Furthermore the prediction of subcellular localization suggested that 41 proteins were localized on many major organelles especially in the nucleus Differentially expressed gene cytoplasm and plasma membrane. Taken together our study could provide a Bioinformatics significant core set of DEGs related to drought and salt stress in roots of chickpea for further functional characterization. PHÂN TÍCH NHÓM GEN CHÍNH ĐÁP ỨNG VỚI STRESS HẠN VÀ MẶN Ở CÂY ĐẬU GÀ Cicer arietinum BẰNG PHÂN TÍCH DỮ LIỆU GIẢI MÃ HỆ PHIÊN MÃ Nguyễn Quốc Trung1 Tống Văn Hải1 Trịnh Thị Lam Hồng1 La Việt .