Kinh doanh - Marketing
Kinh tế quản lý
Biểu mẫu - Văn bản
Tài chính - Ngân hàng
Công nghệ thông tin
Tiếng anh ngoại ngữ
Kĩ thuật công nghệ
Khoa học tự nhiên
Khoa học xã hội
Văn hóa nghệ thuật
Sức khỏe - Y tế
Văn bản luật
Nông Lâm Ngư
Kỹ năng mềm
Luận văn - Báo cáo
Giải trí - Thư giãn
Tài liệu phổ thông
Văn mẫu
Giới thiệu
Đăng ký
Đăng nhập
Tìm
Danh mục
Kinh doanh - Marketing
Kinh tế quản lý
Biểu mẫu - Văn bản
Tài chính - Ngân hàng
Công nghệ thông tin
Tiếng anh ngoại ngữ
Kĩ thuật công nghệ
Khoa học tự nhiên
Khoa học xã hội
Văn hóa nghệ thuật
Y tế sức khỏe
Văn bản luật
Nông lâm ngư
Kĩ năng mềm
Luận văn - Báo cáo
Giải trí - Thư giãn
Tài liệu phổ thông
Văn mẫu
Thông tin
Điều khoản sử dụng
Quy định bảo mật
Quy chế hoạt động
Chính sách bản quyền
Giới thiệu
Đăng ký
Đăng nhập
0
Trang chủ
Khoa Học Tự Nhiên
Sinh học
GiniClust2: A cluster-aware, weighted ensemble clustering method for cell-type detection
tailieunhanh - GiniClust2: A cluster-aware, weighted ensemble clustering method for cell-type detection
Single-cell analysis is a powerful tool for dissecting the cellular composition within a tissue or organ. However, it remains difficult to detect rare and common cell types at the same time. Here, we present a new computational method, GiniClust2, to overcome this challenge. | Tsoucas and Yuan Genome Biology 2018 19 58 https s13059-018-1431-3 METHOD Open Access GiniClust2 a cluster-aware weighted ensemble clustering method for cell-type detection Daphne Tsoucas1 2 and Guo-Cheng Yuan1 2 Abstract Single-cell analysis is a powerful tool for dissecting the cellular composition within a tissue or organ. However it remains difficult to detect rare and common cell types at the same time. Here we present a new computational method GiniClust2 to overcome this challenge. GiniClust2 combines the strengths of two complementary approaches using the Gini index and Fano factor respectively through a cluster-aware weighted ensemble clustering technique. GiniClust2 successfully identifies both common and rare cell types in diverse datasets outperforming existing methods. GiniClust2 is scalable to large datasets. Keywords Clustering Consensus clustering Ensemble clustering Single-cell scRNA-seq Gini index Rare cell type Background common cell populations but are not sensitive enough Genome-wide transcriptomic profiling has served as a to detect rare cells. A number of methods have been de- paradigm for the systematic characterization of molecular veloped to specifically detect rare cells 9 12 but the signatures associated with biological functions and features used in these methods are distinct from those disease-related alterations but traditionally this could only distinguishing major populations. Existing methods can- be done using bulk samples that often contain significant not satisfactorily detect both large and rare cell popula- cellular heterogeneity. The recent development of single- tions. A naïve approach combining features that are cell technologies has enabled biologists to dissect cellular either associated with common or rare cell populations heterogeneity within a cell population. Such efforts have fails to characterize either type correctly as a mixed fea- led to an increased understanding of cell-type compos- ture space
Thảo Vân
17
13
pdf
Báo lỗi
Trùng lắp nội dung
Văn hóa đồi trụy
Phản động
Bản quyền
File lỗi
Khác
Upload
Tải xuống
đang nạp các trang xem trước
Bấm vào đây để xem trước nội dung
Tải xuống
TÀI LIỆU LIÊN QUAN
Rapid scoring of genes in microbial pan-genome-wide association studies with Scoary
9
60
3
Summary of Doctoral Thesis in Biology: Sequencing and analysis of mitochondrial genome of 6 indigenous pig breeds in some Northern provinces of Vietnam
27
57
1
Millstone: Software for multiplex microbial genome analysis and engineering
7
71
3
The genome evolution and domestication of tropical fruit mango
17
70
1
EAGER: Efficient ancient genome reconstruction
14
68
1
Quantifying the mapping precision of genome-wide association studies using whole-genome sequencing data
10
59
3
HUPAN: A pan-genome analysis pipeline for human genomes
11
77
3
Genome-wide nucleotide patterns and potential mechanisms of genome divergence following domestication in maize and soybean
16
18
1
The whole genome sequence of the Mediterranean fruit fly, Ceratitis capitata (Wiedemann), reveals insights into the biology and adaptive evolution of a highly invasive pest species
31
59
1
AlleleAnalyzer: A tool for personalized and allele-specific sgRNA design
9
64
3
TÀI LIỆU XEM NHIỀU
Một Case Về Hematology (1)
8
461879
55
Giới thiệu :Lập trình mã nguồn mở
14
22701
61
Tiểu luận: Tư tưởng Hồ Chí Minh về xây dựng nhà nước trong sạch vững mạnh
13
10902
530
Câu hỏi và đáp án bài tập tình huống Quản trị học
14
10075
446
Phân tích và làm rõ ý kiến sau: “Bài thơ Tự tình II vừa nói lên bi kịch duyên phận vừa cho thấy khát vọng sống, khát vọng hạnh phúc của Hồ Xuân Hương”
3
9539
104
Ebook Facts and Figures – Basic reading practice: Phần 1 – Đặng Tuấn Anh (Dịch)
249
8298
1126
Tiểu luận: Nội dung tư tưởng Hồ Chí Minh về đạo đức
16
8245
423
Mẫu đơn thông tin ứng viên ngân hàng VIB
8
7867
2220
Đề tài: Dự án kinh doanh thời trang quần áo nữ
17
6703
253
Vật lý hạt cơ bản (1)
29
5780
85
TỪ KHÓA LIÊN QUAN
Sinh học
Genome Biology
Consensus clustering
Ensemble clustering
Single cell
Gini index
Rare cell type
Pan genome
Accessory genome
Whole genome sequencing
Next generation sequencing
Genome wide association studies
Summary of Doctoral Thesis in Biology
Doctoral Thesis in Biology
Analysis of mitochondrial genome
Structure of mitochondrial genome
Genetic characteristics of pig breeds
Synthetic biology
Synthetic genomics
Genome engineering
Microbial evolution
Laboratory evolution
Mango genome
Whole genome duplication
Notably cashew
Family Anacardiaceae
Genome resequencing clarifies
Genome reconstruction
Genome sequences
Genome analysis
Large scale genomic data sets
Ancient DNA
Mapping precision
False positive rate
Core genome
Presence absence variation
Genome assembly
Population specific variation
Base composition
Genome divergence
UV damage repair
Plant domestication provides
Genome structure
Medfly genome
Tephritid genomics
Insect orthology
Gene family evolution
Chromosomal synteny
Insect invasiveness
Insect adaptation
Genome surgery
Genome editing
Computational biology
Distinguishing alleles
High Yield cell and molecular biology
Cell and molecular biology
Chromosome replication
Meiosis and genetic recombination
The human nuclear genome
The human mitochondrial genome
Luận án Tiến sĩ
Summary of Biology doctoral thesis
Biology doctoral thesis
Mitochondrial genome
Northern provinces of Vietnam
Functional redundancy
Eukaryotic genome
Escape selective constraints
Genetic map
K mer
Genotypeby sequencing
Chromosome scale genome assembly
Ashkenazi human
Human reference genome
Single reference genome
Population specific reference genomes
Genome quality
Genome contamination
Metagenome assembled genomes
Quantifies genome chimerism
Genome graph
Bacterial adaptability
Human genome
Transcriptional repression
Genome higherorder organization
Transcriptional activity
Bacteriophage resistance
CRISPR Cas9 genome editing tools
Biological processes
Genome sequence
Automated circularization
Genome assemblies
Plasmodium falciparum
Therapeutic genome
Precisely modifying
Infectious diseases
3D genome structure
Higher order genome organization
Population based modeling
Homologous pairing
Drosophila melanogaster
Genome duplication
Interspecific hybridization
Genome evolution
Regulatory elements
Non coding regions
Genome wide quantification
Endogenous functionality
Predictive modeling
Synthetic organisms
Multiplex genome engineering
Hitchhiking mutations
TÀI LIỆU MỚI ĐĂNG
Đánh giá hao mòn và độ tin cậy của chi tiết và kết cấu trên đầu máy diezel part 3
12
314
0
30-04-2024
Mass Transfer in Multiphase Systems and its Applications Part 19
40
257
1
30-04-2024
Bibliography on Medieval Women, Gender, and Medicine 1980-2009
82
211
0
30-04-2024
Management and Services Part 1
10
159
0
30-04-2024
THE ANTHROPOLOGY OF ONLINE COMMUNITIES BY Samuel M.Wilson and Leighton C. Peterson
19
146
0
30-04-2024
BÀI GIẢNG VỀ - MẠCH ĐIỆN II - Chương I: Phân tích mạch trong miền thời gian
38
141
0
30-04-2024
Giáo trình CẤU TRÚC DỮ LIỆU VÀ GIẢI THUẬT - Chương 1
5
127
0
30-04-2024
QUẢN LÝ CHẤT LƯỢNG KHÔNG KHÍ
75
138
0
30-04-2024
Báo cáo nghiên cứu nông nghiệp " Field control of pest fruit flies in Vietnam "
14
118
0
30-04-2024
Báo cáo khoa học: " Principaux critères économiques de gestion des forêts : analyse critique et comparative"
29
89
0
30-04-2024
TÀI LIỆU HOT
Mẫu đơn thông tin ứng viên ngân hàng VIB
8
7867
2220
Giáo trình Tư tưởng Hồ Chí Minh - Mạch Quang Thắng (Dành cho bậc ĐH - Không chuyên ngành Lý luận chính trị)
152
5775
1386
Ebook Chào con ba mẹ đã sẵn sàng
112
3772
1232
Ebook Tuyển tập đề bài và bài văn nghị luận xã hội: Phần 1
62
5331
1136
Ebook Facts and Figures – Basic reading practice: Phần 1 – Đặng Tuấn Anh (Dịch)
249
8298
1126
Giáo trình Văn hóa kinh doanh - PGS.TS. Dương Thị Liễu
561
3515
644
Tiểu luận: Tư tưởng Hồ Chí Minh về xây dựng nhà nước trong sạch vững mạnh
13
10902
530
Giáo trình Sinh lí học trẻ em: Phần 1 - TS Lê Thanh Vân
122
3692
525
Giáo trình Pháp luật đại cương: Phần 1 - NXB ĐH Sư Phạm
274
4070
516
Bài tập nhóm quản lý dự án: Dự án xây dựng quán cafe
35
4135
480
crossorigin="anonymous">
Đã phát hiện trình chặn quảng cáo AdBlock
Trang web này phụ thuộc vào doanh thu từ số lần hiển thị quảng cáo để tồn tại. Vui lòng tắt trình chặn quảng cáo của bạn hoặc tạm dừng tính năng chặn quảng cáo cho trang web này.