tailieunhanh - Phân tích pan-genome của các chủng vi khuẩn Edwardsiella hướng tới phát triển các phương pháp kiểm soát bệnh thủy sản

Trong nghiên cứu này khảo sát pan-genome của chủng Edwardsiella để tìm sự khác biệt về hệ gene, tái định danh loài ở mức độ phát sinh bộ gene (phylogenomics). Kết quả phân tích pan-genome cho thấy, giống Edwardsiella được phân tách thành các kiểu loài trong quần thể và có thể giúp định danh lại loài với độ chính xác cao. Mời các bạn cùng tham khảo! | PHÂN TÍCH PAN-GENOME CỦA CÁC CHỦNG VI KHUẨN EDWARDSIELLA HƢỚNG TỚI PHÁT TRIỂN CÁC PHƢƠNG PHÁP KIỂM SOÁT BỆNH THỦY SẢN Nguyễn Thành Luân1 Phạm Thị Hải Hà2 1 Viện Khoa học Ứng dụng HUTECH Đại học Công nghệ Tp. Hồ Chí Minh 2 Khoa Công nghệ Sinh học và Công nghệ Môi trường Đại học Nguyễn Tất Thành Email pthha@ TÓM TẮT Các bệnh thủy sản gậy ra bởi sự gia tăng quá mức của các chủng vi khuẩn gây bệnh đang đặt ra những thách thức lớn cho việc phát triển các biện pháp kiểm soát sinh học bền vững như các biện pháp sử dụng kháng sinh thích hợp và chiến lược sản xuất vaccine. Dựa vào những tiến bộ trong công nghệ giải trình tự bộ gene vi khuẩn đã mở ra cuộc cách mạng hóa trong việc phân tích pan-genome vi khuẩn gây bệnh và cũng như ảnh hưởng đến việc quản lý dịch bệnh trong các trang trại nuôi trồng thủy sản. Trong nghiên cứu này chúng tôi khảo sát pan-genome của chủng Edwardsiella để tìm sự khác biệt về hệ gene tái định danh loài ở mức độ phát sinh bộ gene phylogenomics . Kết quả phân tích pan-genome cho thấy giống Edwardsiella được phân tách thành các kiểu loài trong quần thể và có thể giúp định danh lại loài với độ chính xác cao. Chúng tôi xác nhận rằng E. tarda EIB202 FL6_60 và ET-1 thuộc nhóm E. piscicida. Dựa vào các phân tích sâu hơn về hàm lượng chức năng các gene khác biệt trong hệ gene của Edwardsiella chúng tôi đã chỉ ra những thông tin về các gene có tính phân biệt cao có thể sử dụng thực hiện pan-PCR trong định danh phân tử các chủng gây bệnh từ mẫu lâm sàng. Ngoài ra các phương pháp phân tích pan- genome có thể dùng để khám phá các gene được chia sẻ để tìm hiểu khả năng thích nghi và dùng phát triển các loại vaccine tiềm năng nhằm cải thiện hiệu quả ngăn chặn dịch bệnh thủy sản khi thực hiện kết hợp với phân tích pan-genome. Từ khóa Edwarsiella phylogenomics pan-genome định danh phân tử vaccine. 1. ĐẶT VẦN ĐỀ Sự gia tăng nhanh chóng nhiều trình tự bộ gen của tác nhân vi sinh gây bệnh thủy sinh sẽ cho phép chúng tôi xây dựng nhanh