Kinh doanh - Marketing
Kinh tế quản lý
Biểu mẫu - Văn bản
Tài chính - Ngân hàng
Công nghệ thông tin
Tiếng anh ngoại ngữ
Kĩ thuật công nghệ
Khoa học tự nhiên
Khoa học xã hội
Văn hóa nghệ thuật
Sức khỏe - Y tế
Văn bản luật
Nông Lâm Ngư
Kỹ năng mềm
Luận văn - Báo cáo
Giải trí - Thư giãn
Tài liệu phổ thông
Văn mẫu
Giới thiệu
Đăng ký
Đăng nhập
Tìm
Danh mục
Kinh doanh - Marketing
Kinh tế quản lý
Biểu mẫu - Văn bản
Tài chính - Ngân hàng
Công nghệ thông tin
Tiếng anh ngoại ngữ
Kĩ thuật công nghệ
Khoa học tự nhiên
Khoa học xã hội
Văn hóa nghệ thuật
Y tế sức khỏe
Văn bản luật
Nông lâm ngư
Kĩ năng mềm
Luận văn - Báo cáo
Giải trí - Thư giãn
Tài liệu phổ thông
Văn mẫu
Thông tin
Điều khoản sử dụng
Quy định bảo mật
Quy chế hoạt động
Chính sách bản quyền
Giới thiệu
Đăng ký
Đăng nhập
0
Trang chủ
Khoa Học Tự Nhiên
Địa Lý
Adaptive large neighborhood search enhances global protein protein network alignment
tailieunhanh - Adaptive large neighborhood search enhances global protein protein network alignment
In this paper, we present a novel global protein-protein interaction network alignment algorithm, which is enhanced with an extended large neighborhood search heuristics. Evaluated on benchmark datasets of yeast, fly, human and worm, the proposed algorithm outperforms state-of-the-art algorithms. Furthermore, the complexity of ours is polynomial, thus being scalable to large biological networks in practice. | VNU Journal of Science Comp. Science amp Com. Eng. Vol. 35 No. 1 2019 46-55 Original Article Adaptive Large Neighborhood Search Enhances Global Protein-Protein Network Alignment Vu Thi Ngoc Anh1 2 Nguyen Trong Dong2 Nguyen Vu Hoang Vuong2 Dang Thanh Hai3 Do Duc Dong3 1 The Hanoi college of Industrial Economics 2 VNU University of Engineering and Technology 144 Xuan Thuy Cau Giay Hanoi Vietnam 3 Bingo Biomedical Informatics Laboratory Bingo Lab Faculty of Information Technology VNU University of Engineering and Technology Received 05 March 2018 Revised 19 May 2019 Accepted 27 May 2019 Abstract Aligning protein-protein interaction networks from different species is a useful mechanism for figuring out orthologous proteins predicting verifying protein unknown functions or constructing evolutionary relationships. The network alignment problem is proved to be NP-hard requiring exponential-time algorithms which is not feasible for the fast growth of biological data. In this paper we present a novel global protein-protein interaction network alignment algorithm which is enhanced with an extended large neighborhood search heuristics. Evaluated on benchmark datasets of yeast fly human and worm the proposed algorithm outperforms state-of-the-art algorithms. Furthermore the complexity of ours is polynomial thus being scalable to large biological networks in practice. Keywords Heuristic Protein-protein interaction networks network alignment neighborhood search. 1. Introduction From biological perspectives a good alignment between protein-protein networks Advanced high-throughput biotechnologies PPI in different species could provide a strong have been revealing numerous interactions evidence for i predicting unknown functions between proteins at large-scales for various of orthologous proteins in a less-well studied species. Analyzing those networks is thus species or ii verifying those with known becoming emerged such as network topology functions 5 or iii detecting common .
Mỹ Anh
50
11
pdf
Báo lỗi
Trùng lắp nội dung
Văn hóa đồi trụy
Phản động
Bản quyền
File lỗi
Khác
Upload
Tải xuống
đang nạp các trang xem trước
Bấm vào đây để xem trước nội dung
Tải xuống
TÀI LIỆU LIÊN QUAN
Improving protein complex prediction by reconstructing a high-confidence proteinprotein interaction network of Escherichia coli from different physical interaction data sources
9
45
1
SpirPro: A Spirulina proteome database and web-based tools for the analysis of proteinprotein interactions at the metabolic level in Spirulina (Arthrospira) platensis C1
9
34
1
Alternative splicing of the Wnt trafficking protein, Wntless and its effects on proteinprotein interactions
9
21
1
Stratification of candidate genes for Parkinson’s disease using weighted proteinprotein interaction network analysis
8
47
1
TÀI LIỆU XEM NHIỀU
Một Case Về Hematology (1)
8
461928
55
Giới thiệu :Lập trình mã nguồn mở
14
23020
64
Tiểu luận: Tư tưởng Hồ Chí Minh về xây dựng nhà nước trong sạch vững mạnh
13
10968
531
Câu hỏi và đáp án bài tập tình huống Quản trị học
14
10165
451
Phân tích và làm rõ ý kiến sau: “Bài thơ Tự tình II vừa nói lên bi kịch duyên phận vừa cho thấy khát vọng sống, khát vọng hạnh phúc của Hồ Xuân Hương”
3
9563
104
Ebook Facts and Figures – Basic reading practice: Phần 1 – Đặng Tuấn Anh (Dịch)
249
8362
1127
Tiểu luận: Nội dung tư tưởng Hồ Chí Minh về đạo đức
16
8272
423
Mẫu đơn thông tin ứng viên ngân hàng VIB
8
7886
2225
Đề tài: Dự án kinh doanh thời trang quần áo nữ
17
6808
256
Giáo trình Tư tưởng Hồ Chí Minh - Mạch Quang Thắng (Dành cho bậc ĐH - Không chuyên ngành Lý luận chính trị)
152
6039
1457
TỪ KHÓA LIÊN QUAN
Địa Lý
Protein protein interaction networks
Network alignment
Neighborhood search
The network alignment problem
Constructing evolutionary relationships
TÀI LIỆU MỚI ĐĂNG
Truyện kiếm hiệp - Duy ngã độc tôn phần 5/7
1
102
0
17-05-2024
MẪU CHỨNG CHỈ QUẢN LÝ VŨ KHÍ, VẬT LIỆU NỔ, CCHT
1
126
0
17-05-2024
Báo cáo khoa học: " Principaux critères économiques de gestion des forêts : analyse critique et comparative"
29
95
0
17-05-2024
The Constituents of Medicinal Plants
185
108
0
17-05-2024
Giáo trình báo chí điều tra part 4
44
105
0
17-05-2024
BỘ ĐỀ THI THỬ THỨ 12
4
92
0
17-05-2024
Báo cáo " Thực thi pháp luật về giao dịch bảo đảm trong hoạt động cấp tín dụng của ngân hàng thương mại - một số vướng mắc pháp lí và đề xuất hoàn thiện "
7
167
1
17-05-2024
Valve Selection Handbook - Fourth Edition
337
90
0
17-05-2024
Bài giảng Lai một cặp tính trạng
12
153
0
17-05-2024
Donald và bạn hữu 25
32
96
0
17-05-2024
TÀI LIỆU HOT
Mẫu đơn thông tin ứng viên ngân hàng VIB
8
7886
2225
Giáo trình Tư tưởng Hồ Chí Minh - Mạch Quang Thắng (Dành cho bậc ĐH - Không chuyên ngành Lý luận chính trị)
152
6039
1457
Ebook Chào con ba mẹ đã sẵn sàng
112
3784
1250
Ebook Tuyển tập đề bài và bài văn nghị luận xã hội: Phần 1
62
5401
1137
Ebook Facts and Figures – Basic reading practice: Phần 1 – Đặng Tuấn Anh (Dịch)
249
8362
1127
Giáo trình Văn hóa kinh doanh - PGS.TS. Dương Thị Liễu
561
3546
656
Tiểu luận: Tư tưởng Hồ Chí Minh về xây dựng nhà nước trong sạch vững mạnh
13
10968
531
Giáo trình Sinh lí học trẻ em: Phần 1 - TS Lê Thanh Vân
122
3745
527
Giáo trình Pháp luật đại cương: Phần 1 - NXB ĐH Sư Phạm
274
4157
523
Bài tập nhóm quản lý dự án: Dự án xây dựng quán cafe
35
4184
483
crossorigin="anonymous">
Đã phát hiện trình chặn quảng cáo AdBlock
Trang web này phụ thuộc vào doanh thu từ số lần hiển thị quảng cáo để tồn tại. Vui lòng tắt trình chặn quảng cáo của bạn hoặc tạm dừng tính năng chặn quảng cáo cho trang web này.