tailieunhanh - Xác định và phân tích in silico các gen DREB2 ở cây quýt (Citrus clementina)

Xác gen DREB2 thuộc về phân nhóm A2 của họ tác nhân phiên mã DREB (dehydrationresponsive element binding), giữ vai trò quan trọng trong trả lời với các stress vô sinh ở thực vật. Trong công trình này, chúng tôi sử dụng cách tiếp cận in silico để xác định và phân tích bốn gen DREB2 của cây quýt (Citrus clementina). | JOURNAL OF SCIENCE OF HNUE DOI Natural Sci. 2015 Vol. 60 No. 4 pp. 127-131 This paper is available online at http XÁC ĐỊNH VÀ PHÂN TÍCH IN SILICO CÁC GEN DREB2 Ở CÂY QUÝT Citrus clementina Cao Phi Bằng Khoa Sinh học Trường Đại học Hùng Vương Phú Thọ Tóm tắt. Các gen DREB2 thuộc về phân nhóm A2 của họ tác nhân phiên mã DREB dehydration- responsive element binding giữ vai trò quan trọng trong trả lời với các stress vô sinh ở thực vật. Trong công trình này chúng tôi sử dụng cách tiếp cận in silico để xác định và phân tích bốn gen DREB2 của cây quýt Citrus clementina . Chúng đều có chứa vùng bảo thủ AP2 PF00847 và motif đặc trưng KGCM RK GKGGPxN. Các gen DREB2 có độ dài từ 633 tới 1581 pb. Chỉ gen CclDREB2-2 có một intron ba gen còn lại mã hóa liên tục. Các protein suy diễn có độ dài từ 210 tới 339 axit amin. Các protein này có tính axit với các giá trị pI dao động trong khoảng từ 4 80 tới 6 99. Cây di truyền cho thấy các gen này phân bố trên ba nhánh khác nhau. Trong các protein suy diễn DREB2 không tìm thấy motif PEST nhưng lại có các axit amin là các vị trí phosphoryl hóa tiềm năng của các protein kinase. Bên cạnh đó các axit amin đặc trưng cho vị trí ubiquitin hóa được tìm thấy ở các protein DREB2 ngoại trừ CclDREB2-3. Từ khóa Gen DREB2 cây di truyền đặc điểm hóa - lí in silico quýt. 1. Mở đầu Cây quýt Citrus clementina thuộc họ Cam họ cây ăn quả quan trọng trên thế giới. Sản lượng của các cây trong họ Cam đạt 122 3 triệu tấn năm 2009 FAO 2009 . Ở Việt Nam sản lượng hàng năm của các cây thuộc họ cam đạt khoảng 700 nghìn tấn Thống kê Việt Nam 2012 . Một trong những con đường trả lời các stress mất nước và nhiệt độ cao ở thực vật được biết là con đường phụ thuộc axit abxixic ABA thông qua các tác nhân phiên mã DREB2 1 . Các DREB2 thuộc về nhóm A2 của họ tác nhân phiên mã DREB dehydration-responsive element binding 2 . Giống như các protein cùng họ khác các DREB2 có một vùng bảo thủ có khả năng gắn với ADN gọi là vùng .