tailieunhanh - Nghiên cứu ứng dụng kỹ thuật PCR chẩn đoán nhanh vi-rút gây bệnh khảm vàng (PYMoV) trên cây hồ tiêu ở Việt Nam

Bài viết sử dụng cùng lúc 4 cặp mồi, trong 4 tube PCR riêng biệt, được thiết kế tại các vùng gene bảo thủ tương ứng trên 4 ORFs (OFR1 - OFR4) của bộ gene PYMoV trong cùng 1 phản ứng PCR với yêu cầu cả 4 cặp mồi đều cho kết quả dương tính rõ trên DNA của mỗi mẫu nhi m bệnh và đều âm tính trên mẫu đối chứng khỏe. Các cặp mồi này chỉ được đề xuất sử dụng khi chúng đều cho kết quả tương tự trong phản ứng RT-PCR, ở bước tiếp theo, sử dụng RNA tổng số tách chiết từ cùng 1 mẫu giám định. | Nghiên cứu ứng dụng kỹ thuật PCR chẩn đoán nhanh vi-rút gây bệnh khảm vàng PYMoV trên cây hồ tiêu ở Việt Nam BVTV - Sè 5 2018 Kết quả nghiên cứu khoa học NGHIÊN CỨU ỨNG DỤNG KỸ THUẬT PCR CHẨN ĐOÁN NHANH VI-RÖT GÂY BỆNH KHẢM VÀNG PYMoV TRÊN CÂY HỒ TIÊU Ở VIỆT NAM Study on PCR Techniques for Detection of Piper Yellow Mottle Virus PYMoV on Black Pepper in Viet Nam 1 1 1 Tạ Hoàng Anh Nguyễn Hồng Tuyên Nguyễn Thúy Hạnh 1 2 Nguyễn Thị Thúy và A Ishwara Bhat . Ngày nhận bài Ngày chấp nhận Abstract Four pairs of primers designed at conserved regions corresponding to four Open Reading Frames - OFR1 OFR2 OFR3 and OFR4 of the Piper yellow mottle virus PYMoV genome were used in four separated tubes in the same polymerase chain reaction PCR for each sample after extraction of total DNA using CTAB method. All four primer pairs gave bright and a single band of expected size including 379bp 352bp 539bp and 420bp respectively only on the lanes of infected sample but not any in the lane of healthy plant sample as negative control on a agarose gel after electrophoresis. Like many other Budnavirus PYMoV was found to occur endogenous virus intergrated most of their genomic sequence in the sequence of the host plant. Hence in this study for the confirmation of any unspecific amplification in PCR though no band was found on the healthy control DNA after PCR the One-Step RT-PCR was done using the same pairs of primers after total RNA extraction using Tri-Reagent. The same result was obtained after electrophoresis as done previously by PCR. Afterwards the serial dilution of DNA extract was done and gave the sensitivity of PCR protocol was -3 of 10 . These results of PCR and RT-PCR helped to recommend a good protocol using either one of or all those four pairs of primers for a specific and sensitive detection of PYMoV from infected black pepper plants in Vietnam by PCR. Keywords Piper yellow mottle virus detection PCR RT-PCR 1. ĐẶT VẤN ĐỀ biến ở hầu khắp các vườn