tailieunhanh - Xác định gen dehydrin kiểu SKn của cây sồi Nhật Bản (Fagus cretana Blume) bằng phương pháp in silico

Các dehydrin được xếp vào nhóm II của họ LEA. Chúng đóng vai trò quan trọng trong việc bảo vệ tế bào. Trong công trình này, nhờ sử dụng các phương pháp nghiên cứu in silico, chúng tôi đã xác định được một gen DHN của cây sồi Nhật Bản từ tập hợp các EST của loài này. | Xác định gen dehydrin kiểu SKn của cây sồi Nhật Bản (Fagus cretana Blume) bằng phương pháp in silico KHOA HỌC CÔNG NGHỆ - ĐẠI HỌC HÙNG VƯƠNG XÁC ĐỊNH GEN Dehydrin KIỂU SKn CỦA CÂY SỒI NHẬT BẢN (Fagus cretana Blume) BẰNG PHƯƠNG PHÁP in silico Cao Phi Bằng Trường Đại học Hùng Vương TÓM TẮT Các dehydrin được xếp vào nhóm II của họ LEA. Chúng đóng vai trò quan trọng trong việc bảo vệ tế bào. Trong công trình này, nhờ sử dụng các phương pháp nghiên cứu in silico, chúng tôi đã xác định được một gen DHN của cây sồi Nhật Bản từ tập hợp các EST của loài này. Kết quả phân tích các motif bảo thủ cũng như phân tích cây phả hệ đã chỉ ra rằng gen này thuộc về nhóm SKn. FcDHN có tính axit và có độ ưa nước cao. Nghiên cứu xây dựng mô hình 3D cho thấy protein FcDHN có cấu trúc xoắn a lưỡng cực, cấu trúc có vai trò rất quan trọng đối với cơ chế bảo vệ tế bào của các dehydrin. Từ khóa: Dehydrin (DHN), Fagus cretana, đặc điểm của gen, xác định gen, in silico, cây phả hệ. 1. MỞ ĐẦU Cây sồi Nhật Bản (Fagus crenata) là loài cây ưu thế đồng thời cũng thường là loài tạo nên phần lớn sinh khối trong các khu rừng cây lá rụng thuộc vùng khí hậu ôn đới của Nhật Bản (Takahashi et al., ; Masaki et al., 2008). Hơn nữa, các khu rừng sồi Nhật Bản giúp bảo vệ đất rừng cũng như duy trì đa dạng sinh học (Watanabe et al., 2012). Dehydrin (DHN) mã hóa các protein thuộc nhóm II của họ Late Embryogenesis Abundant protein (LEA) (Close, 1996). DHN đóng vai trò rất quan trọng trong sự trả lời thích nghi của thực vật với các điều kiện bất lợi của môi trường, đặc biệt là vai trò bảo vệ tế bào trong quá trình mất nước (Rorat, 2006; Hanin et al., 2011). Các protein DHN được cho là có vai trò quan trọng đối với các chồi ngủ và quá trình luyện lạnh của cây gỗ (Rorat, 2006; Rinne et al., 2010). Các DHN có khối lượng phân tử biến đổi trong một phạm vi rộng trong khoảng 9-200kD, chúng được đặc trưng bởi sự có mặt của ít nhất một trình tự bảo thủ giàu .