tailieunhanh - Ứng dụng công nghệ giải trình tự gen thế hệ mới và các phần mềm tin sinh học trong việc đánh giá sơ bộ biến thể di truyền ở người bệnh tự kỷ Việt Nam

Tự kỷ là một hội chứng rối loạn phát triển của hệ thần kinh. Bệnh được biểu hiện bằng những khiếm khuyết về tương tác xã hội, khó khăn về giao tiếp và các hành vi sở thích hạn chế, lặp đi lặp lại. Tỷ lệ mắc bệnh ở trẻ nam nhiều hơn trẻ nữ và có xu hướng ngày càng tăng nhanh trên thế giới. | Ứng dụng công nghệ giải trình tự gen thế hệ mới và các phần mềm tin sinh học trong việc đánh giá sơ bộ biến thể di truyền ở người bệnh tự kỷ Việt Nam Tạp chí Công nghệ Sinh học 15(3): 433-439, 2017 ỨNG DỤNG CÔNG NGHỆ GIẢI TRÌNH TỰ GEN THẾ HỆ MỚI VÀ CÁC PHẦN MỀM TIN SINH HỌC TRONG VIỆC ĐÁNH GIÁ SƠ BỘ BIẾN THỂ DI TRUYỀN Ở NGƯỜI BỆNH TỰ KỶ VIỆT NAM Nguyễn Thu Hiền1,2, Nguyễn Thị Thanh Ngân1, Nguyễn Thị Kim Liên1, Nguyễn Ngọc Lan1, Nguyễn Văn Tụng1, Thành Ngọc Minh3, Phan Văn Chi4, Nguyễn Huy Hoàng1, * 1 Viện Nghiên cứu hệ gen, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam 2 Học viện Khoa học và Công nghệ, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam 3 Bệnh viện Nhi trung ương, Bộ Y tế 4 Viện Công nghệ sinh học, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam * Người chịu trách nhiệm liên lạc. E-mail: nhhoang@ Ngày nhận bài: Ngày nhận đăng: TÓM TẮT Tự kỷ là một hội chứng rối loạn phát triển của hệ thần kinh. Bệnh được biểu hiện bằng những khiếm khuyết về tương tác xã hội, khó khăn về giao tiếp và các hành vi sở thích hạn chế, lặp đi lặp lại. Tỷ lệ mắc bệnh ở trẻ nam nhiều hơn trẻ nữ và có xu hướng ngày càng tăng nhanh trên thế giới. Hiện nay chưa có phương pháp chữa trị dứt điểm cho các triệu chứng của bệnh tự kỷ. Các nghiên cứu trên thế giới cho thấy rằng tự kỷ là một trong bệnh có yếu tố di truyền chiếm từ 40-80%, và do nhiều gen liên quan. Nguy cơ di truyền của bệnh có liên quan đến ảnh hưởng kết hợp của các biến thể khác nhau. Giải trình tự vùng mã hóa - Whole exome sequencing (WES) đã xác định hàng chục nghìn biến thể gen trong mỗi exome ở nhiều bệnh đa gen như: tim mạch, thần kinh Vì thế, WES đang được coi là hướng đi đúng đắn để nghiên cứu di truyền bệnh tự kỷ. Bằng cách ứng dụng các phần mềm tin sinh học chuyên sâu như BWA (Burrows-Wheeler Alignment Tool); Picard; GATK (Genome Analysis Tool Kit), SnpEff, SnpSift, PolyPhen-2, nghiên cứu này đưa ra một quy trình cơ bản nhất để