tailieunhanh - Xác định, xếp loại và khảo sát sự biểu hiện của các gen mã hóa dehydrin (DHN) ở cây đậu tương (Glycine max (L.) Merr.) bằng phân tích in silico

Bằng phân tích in silico, chúng tôi đã xác định được 11 gen mã hóa cho các protein Dehydrin (DHN) trong hệ gen của cây đậu tương. Các protein suy diễn của các gen này đều có mang trình tự bảo thủ đặc hiệu cho DHN là phân mảnh K đã được báo cáo ở nhiều loài. Phân tích cây phát sinh chủng loại cho thấy, các DHN của cây đậu tương nằm trên ba nhánh khác nhau, có một số hiện tượng nhân gen xảy ra sau quá trình biệt hóa loài. | TẠP CHÍ KHOA HỌC Khoa học Tự nhiên và Công nghệ, Số 10 (9/2017) tr 47 - 54 XÁC ĐỊNH, XẾP LOẠI VÀ KHẢO SÁT SỰ BIỂU HIỆN CỦA CÁC GEN MÃ HÓA DEHYDRIN (DHN) Ở CÂY ĐẬU TƢƠNG (Glycine max (L.) Merr.) BẰNG PHÂN TÍCH IN SILICO Vũ Thị Nự, Nguyễn Thị Sơn, Hà Mạnh Linh6 Trường Đại học Tây Bắc Tóm tắt: Bằng phân tích in silico, chúng tôi đã xác định được 11 gen mã hóa cho các protein Dehydrin (DHN) trong hệ gen của cây đậu tương. Các protein suy diễn của các gen này đều có mang trình tự bảo thủ đặc hiệu cho DHN là phân mảnh K đã được báo cáo ở nhiều loài. Phân tích cây phát sinh chủng loại cho thấy, các DHN của cây đậu tương nằm trên ba nhánh khác nhau, có một số hiện tượng nhân gen xảy ra sau quá trình biệt hóa loài. Kết quả phân tích RNAseq cho thấy có 7 trong 11 gen DHN biểu hiện ở ít nhất một loại mô của cây đậu tương, chỉ hai gen GmDHN1 và GmDHN9 biểu hiện ở tất cả các loại mô nghiên cứu, đồng thời hai gen này cũng biểu hiện mạnh hơn các gen khác ở hầu hết các mô. Hai gen GmDHN1 và GmDHN9 biểu hiện mạnh ở mô hoa, mô vỏ quả, rễ và biểu hiện yếu hơn ở mô hạt, lá non và nốt sần. Gen GmDHN6 và GmDHN8, biểu hiện mạnh hơn so với các gen còn lại ở hạt trong giai đoạn phát triển muộn, các gen GmDHN2, GmDHN3, GmDHN5 và GmDHN11 không biểu hiện ở các loại mô được nghiên cứu. Từ khóa: Biểu hiện gen, cây di truyền, Dehydrin (DHN), đậu tương. 1. Mở đầu Cây đậu tương (Glycine max (L.) Merr) là một trong những cây trồng quan trọng, có lịch sử trồng trọt lâu đời, được trồng ở nhiều nước trên thế giới từ châu Âu, châu Á, châu Phi, châu Mỹ, nhất là ở vùng nhiệt đới và á nhiệt đới. Hạt đậu tương là loại sản phẩm có giá trị đồng thời cả về protein và lipit [3]. Thành phần dinh dưỡng trong hạt đậu tương rất cao, với hàm lượng protein từ 38 - 40%, lipit từ 15 - 20%, hyđratcacbon từ 15 - 16% và muối khoáng quan trọng cho sự sống. Ở nước ta, trong những thập niên gần đây diện tích trồng đậu tương không ngừng tăng lên [9]. Nhờ giá trị cao, hệ gen của đậu tương đã được giải trình tự vào năm 2010