tailieunhanh - Nghiên cứu sàng lọc ảo các chất có hoạt tính ức chế 1NDM-1 ở vi khuẩn

Đề kháng kháng sinh đang là vấn đề nghiêm trọng của ngành y tế trên toàn thế giới. Vi khuẩn siêu kháng thuốc đang lan rộng một cách nhanh chóng, trong đó có Enterobacteriaceae tiết các enzym metallobeta-lactamase (MBL) thủy phân carbapenem – kháng sinh chính trong điều trị nhiễm trùng gram âm. New Delhi Metallo-beta-lactamase-1 (NDM-1) là enzym quan trọng trong nhóm MBL. | Nghiên cứu sàng lọc ảo các chất có hoạt tính ức chế 1NDM-1 ở vi khuẩn Y Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số 2 * 2019 Nghiên cứu Y học NGHIÊN CỨU SÀNG LỌC ẢO CÁC CHẤT CÓ HOẠT TÍNH ỨC CHẾ NDM-1 Ở VI KHUẨN Trần Thành Đạo*, Lê Minh Trí*, Đặng Văn Hoài**, Võ Viết Việt*, Thái Khắc Minh* TÓM TẮT Mở đầu: Đề kháng kháng sinh đang là vấn đề nghiêm trọng của ngành y tế trên toàn thế giới. Vi khuẩn siêu kháng thuốc đang lan rộng một cách nhanh chóng, trong đó có Enterobacteriaceae tiết các enzym metallo- beta-lactamase (MBL) thủy phân carbapenem – kháng sinh chính trong điều trị nhiễm trùng gram âm. New Delhi Metallo-beta-lactamase-1 (NDM-1) là enzym quan trọng trong nhóm MBL. Hiện tại chưa có chất ức chế NDM-1 trên lâm sàng và phần lớn nghiên cứu đang tập trung vào việc tìm kiếm các chất ức chế NDM-1. Do đó, nghiên cứu được thực hiện với mục tiêu tìm kiếm các chất có khả năng ức chế enzym NDM-1 bằng các phương pháp in silico bao gồm mô hình 3D- pharmacophore và mô hình mô tả phân tử docking. Đối tượng - Phương pháp nghiên cứu: Các cấu trúc protein NDM-1 được tải về từ ngân hàng cơ sở dữ liệu protein. Các chất ức chế với giá trị IC50 thu được từ 19 bài báo được xây dựng cấu trúc. Mô hình docking với tập chất ức chế và tập chất thỏa mô hình pharmacophore được tiến hành trong LeadIT. Mô hình 3D pharmacophore được xây dựng tự động bằng phần mềm MOE. Các mô hình được ứng dụng để sàng trên tập Drugbank để tìm các chất có khả năng ức chế NDM-1. Kết quả: Nghiên cứu đã xây dựng được mô hình mô tả phân tử docking trên tập chất ức chế ban đầu. Kết quả cho thấy tầm quan trọng của liên kết phối trí với hai ion kẽm và liên kết hydro với acid amin Cys208 và Lys211. Hai mô hình 3D pharmacophore 4 điểm được xây dựng gồm các điểm chung là 2 điểm anion và 1 điểm kỵ nước, ngoài ra mỗi mô hình chứa điểm anion và điểm liên kết hydro. Kết quả sàng lọc ảo từ tập Drugbank qua mô hình 3D pharmacophore và docking thu được 17 chất có khả năng ức chế