tailieunhanh - Ebook Tin - Sinh học: Phần 2

Ebook Tin Sinh học - Phần 2 trình bày về: Chương trình thiết kế và lựa chọn đoạn mồi Primer3, chương trình phân tích cấu trúc tương đồng Blast, chương trình hiển thị phân tích cấu trúc không gian Cn3D, tra cứu dữ liệu qua internet, khai thác thông tin cơ sở dữ liệu để thiết kế gen. . | 6. CHƯƠNG TRÌNH THIẾT KẾ VÀ LỰA CHỌN ĐOẠN MỒI PRIMER3 . Đại cương Chương trình thiết kế và iựa chọn đoạn mồi Primer Design là chương trình tìm kiếm và lựa chọn xác định đoạn nucleotide tương đổng với cấu trúc chuỗi phân tích phục vụ cho kỹ thuật nhân gen PCR hay sử dụng cho nhiều kỹ thuật lai ứng dụng khác nhau. Để giải quyết nhiệm vụ trên nhiều phần mềm đã được xây dựng và cung cấp cho người sử dụng bao gổm cả phần mém miễn phí và loại phải trả tiền thí dụ OLIGO Primer Analysis Software http - Molecular Biology Insights Inc. OLIGO http no - Molecular Biology Insights Inc. Oligo Perfect Designer http -Invitrogen Corp. Primer3 http cgi-bini Drimer3 primer3 - Whitehead Institute for Biomedical Research . Primer3 là một trong sô các chương trình ứng dụng để thiết kế đoạn mồi định hướng vào việc thiết kế mồi phục vụ cho kỹ thuật nhân gen PCR và LA-PCR của Rozen và Skeletsky viết cho môi trường Sun OS Unix và Linux chương trình này không chạy trên môi trường Windows . Whitehead Institute for Biomedical Research đã cung cấp miễn phí chương trình xử lý trực tuyến trên cho người sử dụng qua địa chỉ truy cập http fokker. cgi-bin primer3 primer3 . Cơ sở tính toán lập trình cho chương trình này dựa vào các thông số chính là nhiệt độ gắn 76 môi kích thước mồi hàm lượng GC trong thành phần khả năng bắt cặp dimer trị số nhiệt động và cấu trúc không gian bậc hai của đoạn mồi kích thước sản phẩm PCR. trên cơ sở dữ liệu phân tích của các đoạn mồi tương ứng đã biêt trong các ngân hàng dữ liệu. Giao diện trực tuyến của chương trình Primer3 có dạng như sau IBSsl c Me 3 Primer3 pick primers from a DNA sequence cautions FAQ Paste source sequence below 5 - 3 . string of ACGTNacgtn -- other letters treated as N -- numbers and blanks Ignored FASTA format ok Please N-out undesaable sequence vector. ALUs LINEs etc or use a MuprynmR_Llbl y_iiepeaLkk ry none disclaimer source code p r 17