tailieunhanh - Phân tích cấu trúc gen LMP-1 và mối quan hệ nguồn gốc phả hệ của 34 chủng virut epstein barr từ bệnh nhân ung thư vòm họng ở Việt Nam

Bài viết này trình bày quá trình giải trình tự, thu nhận chuỗi nucleotid, phân tích đặc điểm khung gen LMP-1 và thu nhận chuỗi gen ARN thông tin của 34 chủng EBV phân lập từ BN UTVMH ở Việt Nam. Trình tự nucleotid, đặc điểm cấu trúc phân tử gen LMP-1 và mối quan hệ nguồn gốc phả hệ của 34 chủng dựa vào dữ liệu gen ARN thông tin LMP-1 cũng được xây dựng, so với các chủng thế giới nhằm xác định phân nhánh của EBV Việt Nam. | TẠP CHÍ Y - DƢỢC HỌC QUÂN SỰ SỐ PHỤ TRƢƠNG 2014 PHÂN TÍCH CẤU TRÚC GEN LMP-1 VÀ MỐI QUAN HỆ NGUỒN GỐC PHẢ HỆ CỦA 34 CHỦNG VIRUT EPSTEIN-BARR TỪ BỆNH NHÂN UNG THƢ VÒM HỌNG Ở VIỆT NAM Lê Thanh Hà*; Nguyễn Lĩnh Toàn** Nguyễn Đình Phúc***; Lê Thanh Hòa**** TÓM TẮT Tách chiết ADN tổng số chứa hệ gen Epstein-Barr virut (EBV) từ mẫu mô sinh thiết của 64 BN được chẩn đoán ung thư vòm mũi họng (UTVMH) ở 3 miền Bắc Trung Nam (Việt Nam). Bằng phản ứng PCR sử dụng cặp mồi LPMP1F/LMP1R, thu nhận, dòng hóa và giải trình tự 34 sản phẩm PCR. Trình tự nucleotid của 34 chuỗi gen LMP-1 có độ dài biến động từ - bp. Kết quả phân tích gen LMP-1 của 34 chủng này cho thấy có 3 exon và 2 intron trong khung gen của LMP-1, trong đó exon 1 là 268 bp; intron là 76 - 78 bp; exon 2 là 87 bp; intron 2 là 76 -77 bp và exon 3 có độ biến động độ dài cao nhất từ 728 - 827 bp. Kích thước ARN thông tin từ - bp, mã hóa protein LMP-1 có độ dài 353 - 387 . So sánh đối chiếu với các chủng quốc tế đã được đăng ký trong Ngân hàng Gen cho thấy, 34 chủng nghiên cứu này của Việt Nam có độ đồng nhất cao nhất với chủng China 1 (Trung Quốc) và 3 chủng khác (NPC1, NPC2, NPC3) của Việt Nam. Phân tích phả hệ cho thấy 34 chủng nghiên cứu thuộc về 3 nhóm, trong đó, nhóm I: 20/34 thuộc về nhóm gồm các chủng di truyền China 1, nhóm I: 9/34 thuộc về nhóm các chủng di truyền China 2, Alaska và North Carolina và nhóm III: 5/34 thuộc về nhóm các chủng di truyền Med+ và Med-. * Từ khóa: Ung thư vòm mũi họng; EBV; Exon; Intron; LMP-1, Phả hệ. STRUCTURE OF LMP-1 AND PHYLOGENETIC ANALYSIS OF 34 EBV STRAINS ISOLATED FROM NASOPHARYNGEAL CARCINOMA PATIENTS IN VIETNAM SUMMARY Genomic DNAs of Epstein-Barr virus were extracted from biopsy tissue of 64 patients with nasopharyngeal carcinoma. Of 64 templates using PCR with primers LPMP1F/LMP1R, 34 products were successfully obtained, cloned and sequenced. The entire LMP-1 sequence for 34 isolates was between 1,238 and 1,337 bp. There were 3 exons and 2 .