tailieunhanh - Nghiên cứu phương pháp tách chiết dna metagenome hệ vi khuẩn trong dạ cỏ dê

Phương pháp sử dụng kit tách chiết PSP®Spin Stool DNA cho nồng độ DNA metagenome thu được cao nhất (từ 149,7 đến 195,5 ng/µl), chỉ số A260/280 đạt khoảng 1,9 và A260/230 đạt 1,8-1,9, không còn chất ức chế Taq polymerase và tiêu tốn ít thời gian. Vì vậy, đây là phương pháp thích hợp cho tách chiết DNA metagenome của vi khuẩn trong ruột dê. DNA thu được từ phương pháp này đủ chất lượng cho việc giải trình tự bằng thiết bị giải trình tự DNA thế hệ mới Illumina. | Tạp chí Công nghệ Sinh học 15(2): 367-372, 2017 NGHIÊN CỨU PHƯƠNG PHÁP TÁCH CHIẾT DNA METAGENOME HỆ VI KHUẨN TRONG DẠ CỎ DÊ Lê Ngọc Giang1, Lưu Hàn Ly2, Nguyễn Mai Phương1, Lê Tùng Lâm1, Đỗ Thị Huyền1, Phùng Thu Nguyệt1, Trương Nam Hải1, * 1 2 Viện Công nghệ sinh học, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam Đại học Khoa học Tự nhiên, Đại học Quốc gia Hà Nội * Người chịu trách nhiệm liên lạc. E-mail: tnhai@ Ngày nhận bài: Ngày nhận đăng: TÓM TẮT Hệ vi sinh vật, đặc biệt là vi khuẩn trong dạ cỏ của các động vật nhai lại là nguồn gen có giá trị được nhiều nhà khoa học quan tâm nghiên cứu. Trong những năm gần đây, để khai thác hiệu quả nguồn gen, DNA đa hệ gen của vi khuẩn trong mỗi môi trường sinh thái thường được tách chiết và giải mã trực tiếp bằng hệ thống giải trình tự thế hệ mới dựa trên công nghệ Metagenomics. Tuy nhiên, để có được bộ dữ liệu DNA metagenome tốt cho khai thác gen thì chất lượng của DNA tách chiết cần phải đảm bảo tiêu chuẩn. Trong nghiên cứu này, chúng tôi đánh giá hiệu quả tách chiết DNA metagenome vi khuẩn trong dịch dạ cỏ dê bằng năm phương pháp RBB (sử dụng hạt thủy tinh), RBBC (sử dụng hạt thủy tinh và tinh sạch bằng cột Qiagen), PSP1, PSP2 (PSP®Spin Stool DNA Kit, protocol 1, 2, Đức) và QIA (QIAamp® DNA Stool Mini Kit, Đức). Kết quả, DNA metagenome tách từ năm phương pháp đều có chỉ số A260/280 đạt trên 1,8. Mặc dù phương pháp RBB cho nồng độ DNA cao hơn nhưng do không được tinh chế nên DNA từ mẫu này có chỉ số A260/230 thấp, chỉ đạt khoảng 1,4 và trong mẫu vẫn còn chất ức chế Taq polymerase. Mẫu tách từ RBB sau khi được tinh sạch lại bằng cột Qiagen có chỉ số A260/230 tăng lên đáng kể, đạt khoảng 2,0 và không còn chất ức chế Taq polymerase nhưng hàm lượng cũng như nồng độ DNA metagenome giảm 57% và đạt gần tương đương với DNA metagenome tách bằng QIA. Phương pháp sử dụng kit tách chiết PSP®Spin Stool DNA cho nồng độ DNA metagenome thu được cao nhất (từ 149,7 đến 195,5 ng/µl), chỉ số A260/280 đạt khoảng