tailieunhanh - Sử dụng các công cụ tin sinh học để xác định các gen methylketone synthase 2 (MKS2) mới từ loài cà chua Solanum pimpinellifolium

Bài viết giới thiệu về 2-Methylketone là nhóm hợp chất hữu cơ mang nhóm chức ketone ở vị trí carbon thứ hai, nhóm hợp chất này có nhiều ứng dụng rộng rãi trong bảo vệ thực vật, trong công nghiệp tạo hương và trong sản xuất nhiên liệu sinh học. | TẠP CHÍ SINH HỌC 2014, 36(1se): 237-243 SỬ DỤNG CÁC CÔNG CỤ TIN-SINH HỌC ĐỂ XÁC ĐỊNH CÁC GEN METHYLKETONE SYNTHASE 2 (MKS2) MỚI TỪ LOÀI CÀ CHUA Solanum pimpinellifolium Mai Huỳnh Hạnh Phúc1, Đinh Minh Hiệp2, Nguyễn Thị Hồng Thương1* 1 Trường Đại học Khoa học tự nhiên, ĐHQG tp. Hồ Chí Minh, *thuongnth@ 2 Ban quản lý Khu nông nghiệp công nghệ cao tp. Hồ Chí Minh TÓM TẮT: 2-Methylketone là nhóm hợp chất hữu cơ mang nhóm chức ketone ở vị trí carbon thứ hai, nhóm hợp chất này có nhiều ứng dụng rộng rãi trong bảo vệ thực vật, trong công nghiệp tạo hương và trong sản xuất nhiên liệu sinh học. Gần đây, hai cDNA mã hóa cho hai protein tham gia trong sự sinh tổng hợp methylketone ở cà chua hoang dã Solanum habrochaites subsp. glabratum đã được xác định và được ký hiệu là methylketone synthase 1 (ShMKS1) và methylketone synthase 2 (ShMKS2). Để xác định các MKS2 mới có khả năng sử dụng cơ chất 3-ketoacyl-acyl carrier protein (3-ketoacyl-ACP, chất trung gian của quá trình sinh tổng hợp acid béo xảy ra trong lục lạp) khác nhau về độ dài và mức độ không bão hòa của khung carbon, chúng tôi sử dụng công cụ tìm kiếm TBLASTN với ShMKS2 là trình tự mồi để truy vấn cơ sở dữ liệu bộ gen của loài cà chua Solanum pimpinellifolium. Với sự hỗ trợ của các công cụ dự đoán gen khác, chúng tôi đã xác định được ba gen tương đồng với ShMKS2 trên bốn contig (contig 3697822, 6568413, 6704221 và 6708991) hiện diện trong cơ sở dữ liệu bộ gen của S. pimpinellifolium. Ba gen này mã hóa cho các protein có trình tự tương đồng với trình tự protein ShMKS2 hơn 65% và tương đồng với trình tự của các protein SlMKS2 hơn 98%; chúng tôi ký hiệu ba gen mới này là SppMKS2-1, SppMKS2-2 và SppMKS2-3. Cả ba gen MKS2 này của S. pimpinellifolium đều có năm exon và bốn intron (các vị trí của chúng được bảo tồn khi so sánh với các vị trí exon và intron trong các gen tương đồng ở S. lycopersicum). Chúng tôi tiến hành so sánh trình tự protein của các MKS2 tương đồng hiện diện ở ba loài thuộc chi Solanum này và