tailieunhanh - Bài giảng Tin sinh học đại cương - Chương 4: Phân tích trình tự DNA

Bài giảng Tin sinh học đại cương - Chương 4: Phân tích trình tự DNA được biên soạn nhằm trang bị cho các bạn những kiến thức về chuyển đổi trình tự DNA, dự đoán gene, tìm motif. Mời các bạn tham khảo bài giảng để bổ sung thêm kiến thức về lĩnh vực này. | TIN SINH HỌC ĐẠI CƯƠNG (Introduction to Bioinformatics) Chương 4: PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ DNA . Trần Văn Lăng Email: langtv@ Assoc. Prof. Tran Van Lang, PhD, VIETNAM ACADEMY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY Assoc. Prof. Tran Van Lang, PhD, VIETNAM ACADEMY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY 2 •  Chuyển đổi trình tự DNA •  Dự đoán gene, tìm motif PHƯƠNG PHÁP SIXFRAME Assoc. Prof. Tran Van Lang, PhD, VIETNAM ACADEMY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY 3 Assoc. Prof. Tran Van Lang, PhD, VIETNAM ACADEMY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY 4 1 •  DNA động thực vật được cấu thành chủ yếu từ 4 base cơ bản là A, T, G, C •  Chúng có khả năng tạo nên 64 codon (mỗi codon gồm 3 base), •  Được gói gọn thành 20 amino acid. •  Các amino acid này lại góp phần hình thành nên các protein đặc trưng. Assoc. Prof. Tran Van Lang, PhD, VIETNAM ACADEMY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY •  Tuy nhiên, các sinh vật không giống nhau nên sự hình thành amino acid cũng không giống nhau. •  Có những loài với codon này thì tạo nên amino acid này nhưng đối với loài khác thì lại là một acid amin khác. 5 Chẳng hạn 6 Dịch mã sang Protein •  Bộ ba (codon) “CTT” ở động vật có xương sống hình thành nên Leucine thì ở nấm men là Threonine. •  Do đó, có nhiều bảng dịch mã khác nhau cho từng loài, từng trường hợp khác nhau Assoc. Prof. Tran Van Lang, PhD, VIETNAM ACADEMY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY Assoc. Prof. Tran Van Lang, PhD, VIETNAM ACADEMY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY •  Tiến trình chuyển đổi DNA sang protein cũng có sự khác biệt. •  Bởi không thể biết chính xác trình tự DNA đưa vào có base bắt đầu chính là base đầu tiên trong một codon hay không 7 Assoc. Prof. Tran Van Lang, PhD, VIETNAM ACADEMY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY 8 2 Six-Frame Translation •  Hơn nữa, đầu 3’ của DNA không rõ là phía nào. •  Nên có 6 trường hợp cho cả 2 trình tự xoắn với nhau. •  Dùng phương pháp Six-Frame với 3 dịch chuyển, ký hiệu +1, +2 và +3. •  Ngoài ra, DNA tồn tại dạng chuỗi xoắn kép theo từng cặp A-T, C-G. Assoc. Prof. Tran Van .