tailieunhanh - Bài giảng Tin sinh học đại cương - Chương 2: Tìm kiếm trình tự tương đồng trên ngân hàng dữ liệu

Bài giảng Tin sinh học đại cương - Chương 2: Tìm kiếm trình tự tương đồng trên ngân hàng dữ liệu nêu lên một số ngân hàng dữ liệu trình tự, cơ sở dữ liệu cấu trúc PDB, BLAST trong việc tìm kiếm tương đồng. | TÀI LIỆU HỌC TẬP TIN SINH HỌC ĐẠI CƯƠNG (Introduction to Bioinformatics) • Trần Văn Lăng, Ứng dụng Tin học trong việc giải quyết một số bài toán của Sinh học phân tử. Nxb. Giáo dục, 2008, 230tr. . Trần Văn Lăng Email: langtv@ Assoc. Prof. Tran Van Lang, PhD, VIETNAM ACADEMY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY Assoc. Prof. Tran Van Lang, PhD, VIETNAM ACADEMY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY 2 NỘI DUNG • Một số ngân hàng dữ liệu trình tự • Cơ sở dữ liệu cấu trúc PDB • BLAST trong việc tìm kiếm tương đồng Chương 2: TÌM KIẾM TRÌNH TỰ TƯƠNG ĐỒNG TRÊN NGÂN HÀNG DỮ LIỆU Assoc. Prof. Tran Van Lang, PhD, VIETNAM ACADEMY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY 3 Assoc. Prof. Tran Van Lang, PhD, VIETNAM ACADEMY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY 4 1 1. Một số ngân hàng dữ liệu MỘT SỐ NGÂN HÀNG DỮ LIỆU TRÌNH TỰ GENE • GenBank • EMBL • DDBJ Assoc. Prof. Tran Van Lang, PhD, VIETNAM ACADEMY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY 5 Assoc. Prof. Tran Van Lang, PhD, VIETNAM ACADEMY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY 6 GenBank • 20/9/2012: có bases, từ sequences. • 15/8/2013: có bases, từ sequences. • 15/8/2014: có bases, từ sequences • GenBank là cơ sở dữ liệu trình tự gen của NIH (National Institutes of Health) • Nhằm tập hợp các trình tự DNA được công bố kèm theo lời chú thích • Assoc. Prof. Tran Van Lang, PhD, VIETNAM ACADEMY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY 7 Assoc. Prof. Tran Van Lang, PhD, VIETNAM ACADEMY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY 8 2 • Ví dụ, cần tìm giống lúa Việt Nam • 15/8/2015: có bases, từ sequences • 15/8/2016: có bases, từ sequences – Vào trang – Nhập vào dòng tìm kiếm tương ứng, chẳng hạn “Vietnam Rice” (Xem ) Assoc. Prof. Tran Van Lang, PhD, VIETNAM ACADEMY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY 9 Assoc. Prof. Tran Van Lang, PhD, VIETNAM ACADEMY OF SCIENCE .