tailieunhanh - Phân tích cộng đồng vi khuẩn trong phân ủ bằng kỹ thuật DGGE

Trong bài viết này, chúng tôi sử dụng kỹ thuật điện di DGGE nhằm phân tích sự tồn tại của cộng đồng vi sinh vật trong phân ủ. Từ 10 mẫu phân ủ đã ly trích, tách chiết và thu nhận bộ gen, nhân bản đoạn 16S rDNA trên cặp mồi 27F và 907R. | TẠP CHÍ SINH HỌC, 2012, 34(3SE): 118-124 PHÂN TÍCH CỘNG ĐỒNG VI KHUẨN TRONG PHÂN Ủ BẰNG KỸ THUẬT DGGE Ngô Đức Duy1*, Đào Thị Thu Hiền1 , Hoàng Quốc Khánh1, Nguyễn Thị Tường Vi2 (1) Viện Sinh học nhiệt đới, Viện Khoa học và Công nghệ Việt Nam, (*)ngoduy007@ (2) Trường đại học Kỹ thuật công nghệ tp Hồ Chí Minh TÓM TẮT: Trong nghiên cứu này, chúng tôi sử dụng kỹ thuật điện di DGGE nhằm phân tích sự tồn tại của cộng đồng vi sinh vật trong phân ủ. Từ 10 mẫu phân ủ đã ly trích, tách chiết và thu nhận bộ gen, nhân bản đoạn 16S rDNA trên cặp mồi 27F và 907R. Và sau đó chọn mẫu số 6 cho việc phân tích DGGE trên vùng V3 với cặp mồi 517F-GC và 357R, 517F và 357R, kết quả có 9 trình tự gen thuộc vùng V3 như sau: 6a1, 6a2, 6a3, 6a4, 6d1, 6d2, 6d3, 6e1 và 6e2. Phân tích và so sánh sự tương đồng với các dự liệu trên Ngân hàng Gen theo Accession number như sau: 6a1, 6a2 tương đồng 99% với và , JF tương đồng 93% với 6a4 và 88% 6a3, 6d1 tương đồng 82% với , 6d2 tương đồng 95% với , 6d3 tương đồng 86% với , 6e1 tương đồng 99% với và tương đồng 87% với 6e2. Từ khóa: Cây phát sinh loài, DGGE, PCR, vùng V3 và 16S rDNA MỞ ĐẦU Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE) là kỹ thuật sinh học phân tử cơ bản, được công bố lần đầu đầu tiên bởi Fischer và Lerman [3], phương pháp này dựa trên sự thay đổi và biến đổi về nucleotide trong cấu trúc mạch DNA. Phương pháp DGGE đã ứng dụng nhiều trong việc xác định sự thay đổi hệ vi sinh vật trong môi trường thích ứng với các điều kiện sinh thái khác nhau. Do vậy, ưu điểm của phương pháp này có thể kiểm chứng và đánh giá sự hiện diện và quá trình thay đổi hệ vi sinh vật tồn tại trong mẫu vật và môi trường cần khảo sát. Hiện nay rất nhiều công trình nghiên cứu sử dụng phương pháp DGGE, X. Lai (2006) đã sử dụng phương pháp DGGE phân tích thành phần vi sinh vật trong trầm tích biển sâu của vùng biển phía Nam Trung Quốc [16]. S. Salet (2007) đã khảo sát sự đa