tailieunhanh - Phân tích in Silico họ gen Glutamate dehydrogenase ở cây đậu tương
Trong bài viết này, chúng tôi hướng tới việc xác định các gen mã hóa cho các GDH trong hệ gen của cây đậu tương. Đồng thời chúng tôi trình bày các kết quả phân tích về các đặc tính hóa-lí và cấu trúc cũng như sự biểu hiện của các gen này thông qua phân tích kết quả RNAseq (giải trình tự ARN). | Tạp chí Khoa học ĐHQGHN: Khoa học Tự nhiên và Công nghệ, Tập 33, Số 2 (2017) 1-8 Phân tích in Silico họ gen Glutamate dehydrogenase ở cây đậu tương (Glycine max L.) Cao Phi Bằng* Khoa Khoa học Tự nhiên, Trường Đại học Hùng Vương, Phú Thọ, Việt Nam Nhận ngày 30 tháng 3 năm 2015 Chỉnh sửa ngày 16 tháng 4 năm 2015; Chấp nhận đăng ngày 28 tháng 6 năm 2017 Tóm tắt: Glutamate dehydrogenase (GDH, EC ) là enzyme xúc tác phản ứng thuận nghịch khử amin hóa glutamate tới -ketoglutarate hoặc 2-oxoglutarate. Chúng tôi xác định được mười gen mã hóa GDH trong hệ gen của cây đậu tương. Các protein GDH suy diễn có kích thước 637 hoặc 411 amino acid, ngoại trừ GmGDH06. Phân tích cây phả hệ được xây dựng từ các GHD của đậu tương và các cây khác cho thấy các GDH của đậu tương được xếp vào hai nhóm, hai gen nhóm I và tám gen nhóm II. Các protein nhóm II có motif bảo thủ tín hiệu khu trú ti thể, motif bảo thủ gắn cơ chất đặc hiệu -ketoglutarate và vùng gắn đặc hiệu coenzyme NADH. Các protein nhóm I cũng có vùng gắn cơ chất đặc hiệu nhưng có vùng gắn coenzyme NADPH. Sự biểu hiện của các gen GDH của cây đậu tương khác nhau ở các mô khác nhau. Bốn gen GmGDH03, GmGDH04, GmGDH05và GmGDH07 biểu hiện ở tất cả các mô ở tất cả các giai đoạn phát triển được nghiên cứu. Các GmGDH biểu hiện ở mô sinh sản mạnh hơn ở mô sinh dưỡng, ngoại trừ GmGDH06, gen biểu hiện đặc hiệu ở nốt sần. Từ khóa: Glutamate dehydrogenase, biểu hiện gen, cây phả hệ, đặc trưng của gen, đậu tương. 1. Mở đầu gia về Công nghệ sinh học), Shoemaker (Nhóm nghiên cứu côn trùng trên cây ngũ cốc và Di truyền cây nông nghiệp USDA-ARS), Jackson (Khoa Nông học, Đại học Purdue), Schmutz (Trung tâm giải trình tự hệ gen HudsonAlpha), và Rokhsar (Viện nghiên cứu hệ gen). Phiên bản hệ gen của cây đậu tương hiện có kích thước xấp xỉ 975 Mb, gồm có 20 nhiễm sắc thể [3]. Glutamate dehydrogenase (GDH, EC ) là enzyme xúc tác phản ứng thuận nghịch khử amin hóa glutamate tới ketoglutarate hoặc 2-oxoglutarate nhờ sử .
đang nạp các trang xem trước
