tailieunhanh - Phân tích hệ gen chức năng từ mô thận cá tra nuôi ở điều kiện mặn: lắp ráp, chú giải, phân tích chỉ thị SNP

Bài viết áp dụng kỹ thuật giải trình tự Ion Torrent nhằm xây dựng cơ sở dữ liệu EST từ mô thận của cá tra nuôi ở độ mặn 9 ppt. Kết quả giải trình tự đạt được đoạn trình tự có chiều dài trung bình là 104 bp sau khi sàng lọc loại bỏ các đoạn trình tự có chất lượng thấp. Các đoạn trình tự được lắp ráp thành contig sử dụng các phần mềm lắp ráp CLC Genomic Workbench, Trinity và Velvet/Oases, trong đó CLC là chương trình lắp ráp tối ưu nhất. | TAP CHI HOC 2015, 37(2): Phân tích hệ SINH gen chức năng từ mô thận220-227 cá tra DOI: PHÂN TÍCH HỆ GEN CHỨC NĂNG TỪ MÔ THẬN CÁ TRA (Pangasianodon hypophthalmus) NUÔI Ở ĐIỀU KIỆN MẶN: LẮP RÁP, CHÚ GIẢI, PHÂN TÍCH CHỈ THỊ SNP Nguyễn Minh Thành1*, Võ Thị Minh Thư1, Hyungtaek Jung2, Peter Mather2 1 Trường Đại học Quốc tế, ĐHQG HCM, *nmthanh@ 2 Queensland University of Technology (QUT) TÓM TẮT: Cá Tra là đối tượng thủy sản nước ngọt quan trọng có giá trị kinh tế ở Đồng bằng sông Cửu Long. Nghiên cứu của chúng tôi áp dụng kỹ thuật giải trình tự Ion Torrent nhằm xây dựng cơ sở dữ liệu EST từ mô thận của cá tra nuôi ở độ mặn 9 ppt. Kết quả giải trình tự đạt được đoạn trình tự có chiều dài trung bình là 104 bp sau khi sàng lọc loại bỏ các đoạn trình tự có chất lượng thấp. Các đoạn trình tự được lắp ráp thành contig sử dụng các phần mềm lắp ráp CLC Genomic Workbench, Trinity và Velvet/Oases, trong đó CLC là chương trình lắp ráp tối ưu nhất. Kết quả lắp ráp sử dụng CLC đạt được contig và xác định được gen giả định khi so sánh với cơ sở dữ liệu của NCBI. Ngoài ra nghiên cứu của chúng tôi cũng phát hiện được số lượng lớn SNP. Kết quả nghiên cứu của chúng tôi là cơ sở dữ liệu chi tiết về hệ gen chức năng của cá tra cho đến thời điểm hiện tại. Từ khóa: Pangasianodon hypophthalmus, hệ gen chức năng, mô thận, tính trạng chịu mặn MỞ ĐẦU Cá tra (Pangasianodon hypophthalmus) là đối tượng thủy sản nước ngọt có giá trị kinh tế cao ở Đồng bằng sông Cửu Long (ĐBSCL). Năm 2014, sản lượng cá tra đạt hơn 1,1 triệu tấn và kim ngạch xuất khẩu ước tính đạt khoảng 1,77 tỷ USD [28]. Chương trình chọn giống cá tra do Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản II thực hiện tạo ra giống cá tra có tốc độ tăng trưởng nhanh và tỷ lệ phi lê cao, đáp ứng sự phát triển vược bậc của nghề nuôi cá tra trong những năm qua [25, 26]. Tuy nhiên, nghề nuôi cá tra đang đối mặt với nhiều thách thức mới, trong đó sự xâm nhập mặn ngày càng lan rộng .