tailieunhanh - ĐẶC ĐIỂM GEN CỦA VI RÚT GÂY BỆNH ĐỐM TRẮNG (WHITE SPOT SYNDROME VIRUS) PHÂN LẬP TỪ HỆ THỐNG NUÔI TÔM SÚ QUẢNG CANH CẢI TIẾN

Khảo sát sự đa dạng về đặc điểm gen của vi rút gây bệnh đốm trắng (WSSV) ngoài tự nhiên là một trong những phương pháp tiếp cận giúp hiểu rõ hơn về các đặc điểm dịch tể học của loài vi rút này. Nghiên cứu phân tích số lượng của các đơn vị lặp lại (RU) nằm trên các vùng lặp lại liền kề khác nhau (VNTR) của ORF75, ORF94 và ORF125 (WSSVTH strain; van Hulten et al., 2001) từ 326 mẫu WSSV-DNA thu từ 29 ao tôm quảng canh cải tiến. Kết quả cho thấy: (i) ORF94 xác định được 16 nhóm kiểu. | Tạp chí Khoa học 2012 22c 129-135 Trường Đại học Cần Thơ ĐẶC ĐIỂM GEN CỦA VI RÚT GÂY BỆNH ĐỐM TRẮNG WHITE SPOT SYNDROME VIRUS PHÂN LẬP TỪ HỆ THỐNG NUÔI TÔM SÚ QUẢNG CANH CAI tiến Trần Thị Tuyết Hoa1 Mai Nam Hưng và Đặng Thị Hoàng Oanh1 ABSTRACT Investigating the genetic variability among natural WSSV populations is a novel approach to understand the epidemiologic characteristics of this virus. We characterized the number of repeat units RUs located in the variable number of tandem repeat regions VNTRs of OrF75 ORF94 and ORF125 WSSV-TH strain van Hulten et al. 2001 ffrom 326 WSSV-DNA samples collected from 29 improved-extensive shrimp ponds. The results showed that i there are 16 genotypes determined in ORF94 ranging from 3 to 18 repeat units RUs . In which the 10RUs 20 6 and 11RUs 19 8 were the most common genotypes ii In ORF125 there are 14 genotypes ranging from 3 to 17RUs. The most common genotype was 7RUs 24 9 iii the compound repeat region of ORF75 displayed 10 different patterns of repeat. The pattern with 500bp was the most prevalence 51 . In the study the obtained results suggest that different WSSV genotypes exist in the improved-extensive shrimp farming system. Tandem repeat sequence in ORF94 followed by ORF125 and ORF75 could be used to discriminate WSSV isolates in improved extensive systems. Keywords white spot syndrome virus molecular marker ORF75 ORF94 ORF125 Title Genotyping of white spot syndrome virus isolates from improved-extensive black tiger shrimp farming systems TÓM TẮT Khảo sát sự đa dạng về đặc điểm gen của vi rút gây bệnh đốm trắng WSSV ngoài tự nhiên là một trong những phương pháp tiếp cận giúp hiểu rõ hơn về các đặc điểm dịch tể học của loài vi rút này. Nghiên cứu phân tích số lượng của các đơn vị lặp lại RU nằm trên các vùng lặp lại liền kề khác nhau VNTR của ORF75 ORF94 và ORF125 WSSV-TH strain van Hulten et al. 2001 từ 326 mâu WSSV-DNA thu từ 29 ao tôm quảng canh cải tiến. Kết quả cho thấy i ORF94 xác định được 16 nhóm kiểu gen WSSV