Đang chuẩn bị liên kết để tải về tài liệu:
Một phương pháp cải tiến cho bài toán xác định các gen liên quan đến bệnh

Bài viết đề xuất một phương thức cải tiến mới nhằm mục đích ưu tiên cho các gen liên quan đến những bệnh có tính chất trên bằng cách tăng cường trọng số liên kết cho các gen ở xa các gen gây bệnh đã biết. Thông qua kiểm chứng hiệu quả phân hạng của phương pháp này với 148 bệnh trên mạng tương tác protein của người và so sánh hiệu quả phân hạng của phương pháp đề xuất với các phương pháp nổi trội hiện có như bước ngẫu nhiên có quay lại (RWR) và dựa trên xác suất liên kết (ERIN). | Kỷ yếu Hội nghị Khoa học Quốc gia lần thứ IX Nghiên cứu cơ bản và ứng dụng Công nghệ thông tin FAIR 9 Cần Thơ ngày 4-5 8 2016 DOI 10.15625 vap.2016.00051 MỘT PHƯƠNG PHÁP CẢI TIẾN CHO BÀI TOÁN XÁC ĐỊNH CÁC GEN LIÊN QUAN ĐẾN BỆNH Nguyễn Đại Phong1 Đặng Vũ Tùng2 Lê Đức Hậu3 Từ Minh Phƣơng4 1 Viện Công nghệ thông tin và Truyền thông Trƣờng Đại học Bách Khoa Hà Nội 2 Trung tâm Tin học Học viện Thanh thiếu niên Việt Nam 3 Trung tâm Tin học Đại học Thủy Lợi 4 Khoa Công nghệ thông tin Học viện Công nghệ Bƣu chính viễn thông phongnd.hust@gmail.com tung_dv@yahoo.com hauldhut@gmail.com phuongtm@ptit.edu.vn TÓM TẮT Xác định gen gây bệnh thường bắt đầu việc phân hạng các gen ứng viên theo mức độ liên quan đến bệnh. Việc làm này nhằm mục đích thu hẹp tập gen liên quan đến bệnh cần xác định bởi các thực nghiệm y sinh chuyên sâu. Hiện nay có rất nhiều phương pháp khác nhau được đề xuất để phân hạng các gen ứng viên dựa trên mối quan hệ giữa các protein trong mạng tương tác gen protein. Trong đó hầu hết các phương pháp đều dựa trên giả thiết mô đun bệnh tức là các gen liên quan đến cùng một bệnh có xu hướng nằm kề nhau trên các mạng tương tác. Các phương pháp này có xu hướng ưu tiên những gen ứng viên gần với gen gây bệnh đã biết trên mạng tương tác. Nhưng trong quá trình thực nghiệm chúng tôi nhận thấy với nhiều bệnh các gen liên quan đã biết cũng không hoàn toàn tạo thành một mô đun mà thậm chí chúng còn cách nhau rất xa trên mạng tương tác. Do đó các phương pháp phân hạng hiện có không còn đạt hiệu quả cao. Để giải quyết vấn đề này chúng tôi đề xuất một phương thức cải tiến mới nhằm mục đích ưu tiên cho các gen liên quan đến những bệnh có tính chất trên bằng cách tăng cường trọng số liên kết cho các gen ở xa các gen gây bệnh đã biết. Chúng tôi đã kiểm chứng hiệu quả phân hạng của phương pháp này với 148 bệnh trên mạng tương tác protein của người và so sánh hiệu quả phân hạng của phương pháp đề xuất với các phương pháp nổi trội hiện có như bước ngẫu nhiên có quay lại RWR và dựa